Profesionalo karjerą Brazilijos „Sport Recife“ klube Juninho pradėjo dar 1993 metais. Iki 2001-ųjų jis žaidė „Vasco da Gama“ klube ir tada persikėlė į „Lyon“.
Per aštuonerius metus Prancūzijoje Juninho tapo tikru aistruolių numylėtiniu, buvo paskirtas komandos kapitonu, o „Lyon“ laimėjo septynis iš eilės „Ligue 1“ titulus.
Prancūzijos komandoje Juninho iš viso sužaidė 248 rungtynes ir įmušė 75 įvarčius. Europoje brazilas nežaidė jokiame kitame klube, o 2009 metais išvyko į „Al-Gharafa“. Vėliau trumpai žaidė „Vasco da Gama“ ir Niujorko „Red Bulls“, o šio sezono pradžioje vėl grįžo į „Vasco da Gama“.
Pastarajam Brazilijos klubui saugas iš viso atstovavo 177 mačuose ir įmušė 39 įvarčius. 40 kartų Juninho žaidė Brazilijos rinktinės sudėtyje, kur pasižymėjo šešiais įvarčiais.
