I lygoje dalyvaus po dvi stipriausias A lygos klubų komandas iš praėjusio sezono dublerių pirmenybių -„Trakų“ ir „Kruojos“ antrosios komandos, o taip pat „Žalgirio“ komanda „Žalgirietis“, kuri lygoje rungtyniaus jau trečius metus iš eilės. Dublerių ir susijusios komandos neturės teisės patekti į A lygos čempionatą. Kaip susijusi komanda (su „Atlantu“) pirmenybėse planuoja dalyvauti „Palangos“ ekipa.
Iš A, I ar II lygos komandos ne daugiau kaip 3 žaidėjai ir vartininkas (be amžiaus apribojimų) bei neribotas U-21 (iki 21 metų, gimę 1994 m. ir jaunesni) žaidėjų skaičius galės atstovauti dublerinei arba susijusiai komandai. Tiek dublerinėse, tiek A ar I lygos komandose taip pat galės būti neribotas kiekis žaidėjų iš elitinių U-18 ir/ar U-16 lygų komandų.
Ne daugiau kaip 3 žaidėjai iš dublerinės ar susijusios komandos (be amžiaus apribojimų) bei neribotas U-21 (iki 21 metų, gimę 1994 m. ir jaunesni) žaidėjų skaičius galės rungtyniauti pagrindinėje A, I ar II lygos komandose.
Atsižvelgęs į I lygos pirmenybėse dalyvaujančių klubų prašymą, LFFV vykdomasis komitetas balsavo dėl legionierių limito pakeitimo – nuo šiol vienu metu aikštėje galės rungtyniauti ne daugiau kaip 3 užsieniečiai.
Dar viena naujovė įvesta ir dėl kitų metų LFF supertaurės rungtynių – jei šalies čempionas ir taurės laimėtojas bus tas pats, dėl supertaurės 2016 metais kovos čempionas bei lygos antrosios vietos laimėtojas.
Taip pat, pagal UEFA varžybų nuostatų pakeitimą, kelialapį į UEFA Europos lygą galės iškovoti tik LFF taurės laimėtojas. Taurės finalininkas tokios teisės negautų – ji atiteks ketvirtą vietą A lygoje užėmusiai komandai.
