Buvęs klubo puolėjas „Milan“ treneriu išbuvo šiek tiek daugiau nei vienerius metus – paskirtas jis buvo praėjusių metų birželio 9-ąją.
2012-14 m. F.Inzaghi dirbo „Milan“ dublerių ekipos treneriu, o pagrindinės ekipos trenerio pareigose pakeitė kitą buvusį futbolininką Clarence'ą Seedorfą.
Per 2014-15 metų sezoną su „Milan“ ekipa F.Inzaghi iškovojo mažiausiai pergalių nuo 2000-01 m. sezono. Per 38 rungtynes „Serie A“ pirmenybėse ekipa šventė 13 pergalių, tiek pat rungtynių sužaidė lygiosiomis ir patyrė 12 pralaimėjimų.
Realiausiu pretendentu pakeisti F.Inzaghi trenerio pareigose laikytas buvęs Genujos „Sampdoria“ treneris Siniša Michailovičius naujuoju ekipos treneriu paskirtas praėjus porai valandų nuo F.Inzaghi atleidimo.
Tai buvęs „Roma“, „Sampdoria“, „Lazio“ ir „Inter“ žaidėjas, rungtyniavęs vidurio gynėjo pozicijoje, laikytas vienu geriausių baudos smūgių socielistų.
2006 m. žaidėjo karjerą baigęs serbas iškart tapo „Inter“ trenerio asistentu, po dviejų metų stojo prie „Bologna“ vairo. Vėliau treniravo „Catania“ (2009-10), „Fiorentina“ (2010-11), Serbijos futbolo rinktinę (2012-13) ir „Sampdoria“ (2013-15).