Pirmasis geležinkelio tiltas Jonavoje buvo medinis, pirmą kartą išbandytas 1871 metais, tačiau tuo pačiu metu šalia medinio tilto buvo pradėtas statyti metalinės tinklinės santvaros keturių angų, 140 metrų ilgio tiltas, baigtas 1873 metais.
Tais pačiais metais prasidėjo reguliarus traukinių eismas. 1901-1904 metais šalia esamo tilto, supylus pylimą bei abiejose upės pusėse suformavus reljefą naujam geležinkelio tiltui, esamas metalinis tiltas pritaikytas plentui.
Naująjį keturių tarpatramių geležinkelio tiltą projektavo broliai Petras ir Anupras Vileišiai. Tilto atramos ir tauras buvo pritaikyti dvikeliui geležinkeliui (ilgis 206 m, plotis – 5,9 m).
Pirmojo pasaulinio karo metu atsitraukdama Rusijos imperijos kariuomenė tilto ramtą kairiajame Neries upės krante susprogdino. 1915 metais tiltas atstatytas, tačiau 1944 metais Vokietijos kariuomenei traukiantis iš Jonavos, abu tiltai buvo susprogdinti.
Iki šių dienų išlikę abiejų tiltų taurai.
Po Antrojo pasaulinio karo pradėti geležinkelio tilto atstatymo darbai. 1948 metais iš Vokietijos buvo atgabentas ir sumontuotas trofėjinis plieninis Rot-Vagnerio santvarų sistemos tiltas. 1983 metais šalia jo, ant tų pačių atramų, buvo pastatytas kitokios santvarinės sistemos tiltas, kuris yra naudojamas iki šiol.
Iki Antrojo pasaulinio karo pabaigos iš viso šioje vietoje stovėjo penki gynybiniai statiniai.
Pirmosios fortifikacinės priemonės tilto gynybai panaudotos maždaug XX amžiaus pradžioje. Tai abipus upės cariniu laikotarpiu pastatytos slėptuvės, vadinamos „blokhausais“, skirtos ginti tiltą ir jo prieigas lengvųjų šaunamųjų ginklų ugnimi.
1937 metais pagal inžinieriaus Juozo Vitkaus-Kazimieraičio projektą pastatytos trys aktyviosios gelžbetoninės slėptuvės, iš kurių iki šiol yra išlikusi tik pirmoji.
Tokio tipo gynybos projektai buvo realizuoti tik prie dviejų Lietuvos geležinkelio tiltų – Jonavos per Nerį ir Lyduvėnų per Dubysą.
Pirmoji slėptuvė turėjo ginti zoną virš tiltų, antroji – saugoti prieigą prie tiltų, trečioji slėptuvė iš abiejų pusių turėjo dengti antrą ir iš dalies pirmą slėptuves, apšaudant prieigas prie geležinkelio pylimo nuo Jonavos pusės.
Iki tol buvusius „blokhausus“ buvo nutarta per pusę sumažinti, susprogdinant viršutines, virš pylimų išsikišusias dalis, kad priešo artilerijai neatskleistų tiltų ir slėptuvių vietos.
Jonavos geležinkelio tilto gynyba yra laikoma bendros Lietuvos gynybos sistemos nuo galimų karinių veiksmų neatsiejama dalis. Trijų aktyviųjų slėptuvių projekto įgyvendinimas vertinamas kaip naujas fortifikacijos etapas ne tik Jonavos tiltų gynybos prasme, bet ir visos Lietuvos fortifikacijos pažangos plotmėje.
Iki šio laikotarpio Lietuvoje nebuvo statyta panašaus tipo aktyviųjų slėptuvių, ypatingai turinčių tarpusavyje suderintų apšaudymo sektorių.
