Mokestinis ginčas kilo tada, kai Aplinkos apsaugos departamentas nustatė, kad UAB „Vilniaus vandenys“ per 2014–2018 m. iš nuotekų valyklų su ūkio buities ir gamybinėmis nuotekomis be leidimo į aplinką leido teršalus – ftalatus. Už nedeklaruotą taršą iš stacionarių taršos šaltinių, išleistą be teisės aktais nustatyta tvarka išduoto leidimo, bendrovei už 2014–2018 m. mokestinius laikotarpius apskaičiuotas mokestis didesniu tarifu, iš viso – 7 561 902 Eur.
Šios sumos įmonei apskaičiuotos vadovaujantis ginčui aktualiu laikotarpiu galiojusio Mokesčio už aplinkos teršimą įstatymo 9 straipsnio 4 dalies 1 punktu.
Pirmosios instancijos teismas departamento nustatytus pažeidimus pripažino pagrįstais, t. y., kad UAB „Vilniaus vandenys“ valdomose nuotekų valyklose (Vilniaus, Šalčininkų, Nemenčinės) be privalomo turėti taršos leidimo kartu su nuotekomis išleido teršalus (ftalatą ir fenolius), šių teršalų nedeklaravo, todėl bendrovei pagrįstai apskaičiuotas mokestis didesniu tarifu už nustatytą taršos normatyvą viršijančių teršalų kiekį.
Tačiau pirmosios instancijos teismas, vadovaudamasis proporcingumo ir teisingumo principais, pakeitė departamento sprendimą ir sumažino apskaičiuotą mokestį nuo 7 561 902,00 Eur iki 3 024 760,80 Eur už 2014–2018 m. išleistus teršalus (ftalatą ir fenolius).
Įmonė apeliaciniame skunde iš esmės laikėsi pozicijos, kad departamentas ir Aplinkos apsaugos agentūra (toliau – agentūra), kaip aplinkos apsaugos kontrolę atliekančios institucijos, atsakingos už neva padarytus pažeidimus, nes jos pačios turėjo nurodyti įmonei pasikeisti turimus taršos leidimus.
Įmonė apeliaciniame skunde laikėsi pozicijos, kad, apskaičiuojant ftalatus, nepagrįstai buvo remiamasi agentūros specialistų atliktų tyrimų duomenimis, kad tyrimai buvo atlikti nesilaikant konkrečiuose standartuose nustatytų reikalavimų (pažeidimai lėmė netikslius, iškreiptus tyrimų rezultatus), be to, tyrimų protokolai pareiškėjui buvo pateikti tik su patikrinimo aktu.
Tačiau LVAT teisėjų kolegija konstatavo, kad departamentas teisės aktų nustatyta tvarka apskaičiavo ginčo teršalų kiekius, o įmonė nepagrindė ir neįrodė, kad atlikti apskaičiavimai būtų neteisingi.
Teismas konstatavo, kad byloje nustatyta pakankamai duomenų, lemiančių išvadą, jog įmonė sąmoningai neapskaitė ir nedeklaravo ginčo teršalų kiekių ir taip juos nuslėpė Mokesčio už aplinkos teršimą įstatymo atžvilgiu, todėl įmonei pagrįstai buvo apskaičiuotas mokėtinas mokestis didesniu tarifu.