Kauno HE darbas planuojamas atsižvelgiant į tai, kiek vandens Nemunas atplukdo į Kauno marias. Minimali riba (vadinamasis gamtosauginis debitas), leidžianti upėje žemiau Kauno HE vykdyti laivybą ir nekelianti grėsmės ekosistemai, yra 120 m3/s. Jei tris paras iš eilės vandens atiteka mažiau nei 112 m3/s, Kauno HE nebegali kaupti vandens Kauno mariose ir privalo praleisti maksimalų atitekantį vandens kiekį.
Vidutinis Nemuno debitas ties Kaunu balandį siekė 227 m3/s, o gegužę krito iki 184 m3/s. Tai – net mažiau, nei rekordiškai sausringais laikytais 2015 metais. Tuomet vidutinis Nemuno debitas gegužę buvo kritęs iki 208 m3/s, o vasarą toliau seko. Šiuo metu pastebima panaši tendencija – vandens kiekis didžiausioje Lietuvos upėje ties Kaunu palaipsniui mažėja. Per mažas Nemuno debitas neleidžia pilnai išnaudoti Kauno HE pajėgumo – laikantis visų gamtosauginių reikalavimų, atitekančio vandens kiekio užtenka tik vienam hidroagregatui sukti.
„Gamtos sąlygos elektros energijos gamybą Kauno HE riboja jau antrus metus iš eilės. Pernai vandens kiekis mažėjo nuo pat gegužės. Iš viso per 2018 m. Kauno HE pagamino ketvirtadaliu mažiau elektros energijos nei 2017 metais. Šiemet po itin sauso pavasario situacijos pagerėjimo taip pat kol kas nepajutome – šiuo metu Kauno HE dirba vos vienu hidroagregatu 22 megavatų (MW) galia. Tai yra 4 kartus mažiau, nei ši elektrinė galėtų gaminti veikdama visa 100 MW galia“, – pasakoja „Lietuvos energijos gamybos“ generalinis direktorius Rimgaudas Kalvaitis.
Žemiausias per visą elektrinės veikimo istoriją Nemuno ties Kaunu paros debitas užfiksuotas 1992 m. liepą ir siekė vos 53 m3/s. Tuo tarpu rekordiškai sausiausių metų titulas priklauso 2015-iesiems. Tais metais fiksuotas mažiausias metinis debito vidurkis – 183 m3/s. Patys vandeningiausi buvo 1994-ieji – vidutinis metinis debitas tuomet siekė net 333 m3/s.