Teismas nustatė, kad „Nidos seklyčios“ pastatų statyba ir jų nuosavybės teisių registracija buvo pagrįsta neteisėtais administraciniais aktais, kuriuos priėmė Neringos savivaldybės ir kitos valstybės institucijos.
Atsižvelgdamas į šias aplinkybes, LVAT nusprendė, kad už žalą pareiškėjui solidariai atsako Neringos savivaldybė, atstovaujama savivaldybės tarybos ir administracijos, bei Lietuvos valstybė, atstovaujama Valstybinės teritorijų planavimo ir statybos inspekcijos. LVAT nenustatė aplinkybių, kurios sumažintų šių atsakovų solidarią atsakomybę.
LVAT pabrėžė, kad valdžios institucijos neužtikrino operatyvaus ir nuoseklaus neteisėtų statybų padarinių šalinimo proceso. Taisydamos savo klaidas, valstybės institucijos iš esmės neveikė pakankamai operatyviai, nuosekliai bei su deramu rūpestingumu. Nors teisminiai procesai dėl teritorijų planavimo ir ginčo statybų prasidėjo 2006 metais, valdžios institucijų sprendimais 2006–2007 metais (jau po teisminių procesų iniciavimo) ginčo pastatai buvo pripažinti tinkamais naudoti, o prokuroro ginant viešąjį interesą pareikšti reikalavimai dėl jų nugriovimo galutinai patenkinti tik 2016 m. sausio 20 d. Po šio sprendimo įsiteisėjimo valdžios institucijos tęsė Kuršių nerijos nacionalinio parko generalinio plano keitimo procedūras, pabrėždamos, kad tai būtina taikos sutarčiai sudaryti. Tik po 2019 m. lapkričio 25 d. Konstitucinio Teismo nutarimo, pripažinusio pakeisto plano prieštaravimą Konstitucijai, valdžios institucijos galutinai atsisakė taikos susitarimo galimybės. Šiomis aplinkybėmis pareiškėjas patyrė ilgalaikį netikrumą dėl ginčo statybų teisėtumo, o byloje nebuvo duomenų, jog jis pats vilkino procesą.
Atsižvelgęs tai, kad ginčo laikotarpiu vyko derybos su valdžios institucijomis bei buvo inicijuotas Kuršių nerijos nacionalinio parko generalinio plano keitimas, LVAT nusprendė netaikyti 3 metų senaties termino reikalavimams dėl turtinės žalos, susijusios su pastatų nugriovimu ir buvusios padėties atkūrimu. Vertindamas šią pareiškėjo patirtą žalą, LVAT dar kartą pabrėžė, kad turtinės žalos atlyginimas turi būti suderintas su proporcingumo, teisingumo ir visuomenės intereso principais. Teismas konstatavo, kad žalos atlyginimas pagal beveik prieš 20 metų patirtas statybos išlaidas ar tuo metu nustatytą pastatų vertę neatitiktų proporcingumo, teisingumo ir sąžiningumo principų, nes pareiškėjui tektų pernelyg didelė našta dėl valstybės institucijų klaidų. Toks sprendimas taip pat neužtikrintų tinkamos visuomenės intereso ir pareiškėjo pagrindinių teisių pusiausvyros.
Tačiau LVAT turtinę žalą dėl negautų pajamų, grindžiamą negalėjimu išnuomoti ginčo pastatus dėl vykusių teisminių procesų, neapibrėžtumo dėl turto ateities ir teismo nutartimi taikytų laikinųjų apsaugos priemonių, laikė pernelyg nutolusia nuo byloje konstatuotų atsakovų neteisėtų veiksmų, tvirtinant teritorijų planavimo ir išduodant statybą leidžiantį dokumentus bei pripažįstant pastatus tinkamais naudoti. Todėl šios žalos atlyginimas iš atsakovų pareiškėjui nepriteistas.
Teismas taip pat konstatavo, kad pareiškėjo reikalavimas dėl galimos neturtinės žalos jo reputacijai ir dalis reikalavimo dėl negautų pajamų iš ginčo pastatų nuomos buvo pateikti praleidus senaties terminą. Visa tai lėmė mažesnę, nei pirmosios instancijos teismo priteistą, žalos atlyginimo sumą.
