Merkinė ilgus amžius buvo strateginis, kultūrinis bei ekonominis krašto centras. Čia viduramžiais stovėjo viena svarbiausių Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės pilių, 1569 m. Lenkijos karaliui ir Lietuvos didžiajam kunigaikščiui Žygimantui Augustui miestui suteikus Magdeburgo teises, prasidėjo tikras miesto klestėjimo laikotarpis.
Merkinėje XVII–XIX a. skambėjo keturių bažnyčių varpai, buvo įsikūręs dominikonų konventas bei jėzuitų rezidencija. Miesto centrinėje aikštėje XVI a. II pusėje iškilo renesanso stiliaus rotušė, prie Nemuno buvo įsikūręs upinis uostas, iš kurio laivai pasiekdavo Karaliaučių.
Buvusio papilio teritorijoje, vienoje vaizdingiausių Lietuvos vietų, buvo įsikūręs karališkas dvaras – Merkinės istorinės seniūnijos centras. Čia reguliariai lankydavosi bene visi Lietuvos ir Lenkijos valdovai. Daugiausia laiko čia praleido Vladislovas IV Vaza, kuris Merkinę buvo pamėgęs nuo vaikystės, čia pynėsi jo meilės romanas su Lvovo pirklio dukra Jadvyga Luškovska, čia jis dienas leido medžiodamas bei spręsdamas įvairius valstybės reikalus.
Istoriniai faktai liudija, kad šioje vietoje valdovas buvo priėmęs ir Venecijos respublikos atstovus. Galiausiai valdovas ir mirė Merkinėje 1648 m. Pats Merkinės dvaras visada buvo valstybės didžiųjų žinioje – tai tokios giminės kaip Radvilos, Pacai, Sapiegos, Oginskiai.
Merkinė visuomet buvo daugiatautis miestas, jame lankėsi ne tik valdovai, bet ir kitų valstybių atstovai arba tiesiog paprasti keliautojai, dar XVIII a. II pusėje pažymėję, kad čia kafenhauze galima gauti geros kavos. Pats Merkinės dvaras dar XVIII a. Mato Oginskio dėka buvo naujai perstatytas.
Merkinės miestas patyrė dideles netektis įvairių okupacijų ir kitų negandų laikotarpiais. Buvusi miesto panorama ir karališkasis dvaras dingo kartu su Merkinę siaubusiomis priešo kariuomenėmis. XIX a. buvo negailestingas daugeliui senojo miesto akcentų, Merkinės, kaip dingusio miesto sampratą, įtvirtino II pasaulinis karas, kada miestas buvo tiesiog nušluotas nacių ir sovietų aviacijos.
Tiesa, dar prieškariu šiaurinėje dvarvietės teritorijoje stovėjo keletas medinių gyvenamųjų namų, erdvėje tarp mokyklos ir šių pastatų vyko miestelio renginiai. Sovietmečiu didesnė dvarvietės teritorijos dalis buvo užstatyta gyvenamaisiais pastatais, taigi ilgainiui visiškai prarado ryšį su karališkuoju dvaru.
Šiandien dėmesys Merkinės tradicijoms ir istorijai vėl sugrįžo. „Merkinės fabriko“ projektas siekia į Merkio ir Nemuno slėnį sugrąžinti kultūrą. Pakviesti svečius iš kitų miestų lėtam vartojimui ir nepažintos ar kiek primirštos Merkinės atradimui.
Puiki geografinė vieta Merkinei leidžia turėti tokių ambicijų, nes nuo Vilniaus ir Kauno „kultūros fabrikas“ nutolęs vos po 100 kilometrų, o atstumas iki Alytaus, Druskininkų ir Varėnos nesiekia nė 30.