Jovaišos dėmesio centre – Vakarų baltai romėniškuoju laikotarpiu (nuo I a. iki V a. vidurio), etninė jų istorija, materialusis ir dvasinis Vakarų baltų / aisčių paveldas, ypač Vidurio Lietuvoje ir Nemuno žemupyje. Archeologas tyrinėjo Raudonėnų, Plinkaigalio, Lauksvydų, Krūvandų (Vilkijos seniūnija), Rupunionių, Šaukėnų, Dauglaukio, Vėluikių kapinynus. Savo tyrimų medžiagą sudėjo į seriją „Aisčiai. I knyga. Kilmė“, „Aisčiai. II knyga. Raida“, „Aisčiai. III knyga. Lietuvių ir Lietuvos pradžia“, „The Aestii. The Western Balts“, „Kapai ir žmonės“ (2012–2020).
Jo taikomoji mokslinė veikla – ciklas „Istorija ir kompiuteriai (1997–2007 m.)“ – įvertinta Lietuvos mokslo premija (2008). Mokslininkas toliau kuria kompiuterines mokslines šviečiamąsias programas, tęsia archeologinius tyrimus.
– Kada ir kaip susidomėjote aisčiais, kodėl būtent jais?
– Atsakyti į šį klausimą net man pačiam nėra paprasta. Nuo paauglystės labai mėgau istorinę, grožinę literatūrą, daug jos skaičiau, kiek įstengdavau gauti tais uždarais laikais (gimiau 1950 m.). Mane ypač sužavėjo C. W. Ceramo (tikr. Kurtas Wilhelmas Marekas) knyga „Dievai, kapai ir mokslininkai“ (1949), nušviečianti lūžinius civilizacijų raidos tarpsnius. Toks archeologinis praeities „atpažinimas“ padarė didžiulį įspūdį.
Kai tapau archeologu, nuo pat pradžių domėjausi sisteminiais dalykais. Paprasto tyrimo – radau kapą, aprašiau, ir viskas – man atrodė per mažai, buvo svarbus kontekstas. Sekdamas kapo radinių pėdsakais, svarstydavau, kur tie daiktai paplitę, iš kur atkeliavo, kaip vienus susieti su kitais.
Savo pirmojoje knygelėje „Lietuvos TSR archeologijos paminklai ir jų apsauga“ (1976) sistemiškai apžvelgiau archeologijos paminklų įvairovę, labiausiai atpažįstamus bruožus – to anuomet ypač trūko paminklosaugininkams. Sukūriau lenteles, kuriose išdėsčiau, kokie radiniai būdingi kiekvienam laikotarpiui, – keramika, papuošalai, ginklai ir kt.
Sisteminiais dalykais paremta ir mano disertacija „Vidurio Lietuva I–IV a.“. Kėliau sau du tikslus – išsiaiškinti, ką reiškia taisyklingai sudėti akmenys kapo dugne, kodėl tame pačiame kapinyne laidojimo kryptys tokios skirtingos. Tai atrodė tikras chaosas. Spėliojau, ką jis galėtų reikšti. Išsiaiškinau, kad mirusiųjų galvos nukreiptos ne chaotiškai, o atitinkamais laipsniais. Nei Lietuvoje, nei Europoje tokių tyrinėjimų nebuvo. Statistinė analizė atskleidė dėsningumus, kokiais laipsniais daugiau laidota ir pan. Toptelėjo mintis, kad čia kažkuo sekama. Tada pakėliau akis į dangų. Išnagrinėjau saulės kilimo taškus nuo birželio 22 iki gruodžio 22 dienos, tada nuo gruodžio 22 iki birželio 22-osios. Viskas atsistojo į savo vietas – tai Saulės kulto padariniai. Laidojant reikalauta nukreipti galvą į tą tašką, iš kur tądien kilo saulė. Žvelgiau į horizontą, nes šulinyje būnant atrodo, kad saulė teka kitaip. Apsėstas tos minties kreipiausi į geografą Česlovą Kudabą, išdėsčiau man rūpimą problemą. Jis padėjo apskaičiuoti paklaidas. Didžiausia mano astronomijos mokytoja buvo dr. Ramutė Lazauskaitė, konsultavo ir astronomas Paulius Slavėnas. Norėjau išsiaiškinti, iš kur toksai suvokimo gilumas, kokia aisčių kilmė, raida. Neatsitiktinai parinkau tokius savo knygų pavadinimus. Archeologijos požiūriu elgiausi netradiciškai – ilgai nerašiau monografijų. Reikia sulaukti brandaus amžiaus, kad įsigilintum į tai, ką atradai.
