Bet giminė liko solidari. Stačiatikiui Grigaliui Chodkevičiui mirus ir nespėjus sūnums parūpinti tinkamų paskyrimų, reikalą baigė kito tikėjimo įtakingas giminaitis Jonas Chodkevičius, kreipęsis dėl to į karalių. Jonas Chodkevičius buvo viena ryškiausių XVI a. II pusės LDK asmenybių.
Trys kartos – trys konfesijos
XVI a. pr. Europoje paplitęs Reformacijos judėjimas greitai pasiekė Lietuvą. Viena po kitos didikų giminės keitė tikėjimą. Svarbus veiksnys – kontaktai su kaimyniniais kraštais. 1525 metais į liuteronybę perėjęs Prūsijos didysis kunigaikštis Albrechtas Brandenburgietis aktyviai reiškėsi regiono politikoje, užmegzdamas glaudžius ryšius su daugeliu Lietuvos didikų.
Vedęs žemaitę Oną iš Šemetų giminės, jis tvirtai ir ilgiems laikams susiejo savo giminės šaką su Žemaitija. Prūsiška įtaka veikiausiai nulėmė Jeronimo Chodkevičiaus sprendimą: 1547 m. jis siuntė sūnų Joną studijuoti į protestantišką Karaliaučiaus universitetą.
Tarp Albrechto dvare jaunystėje gyvenusių lietuvių jaunuolių buvo ir Jeronimas Chodkevičius. Progų šiems kontaktams plėtotis padaugėjo po 1545 m., kai J.Chodkevičius tapo Prūsijos kaimynystėje esančios Žemaitijos seniūnu.
Vedęs žemaitę Oną iš Šemetų giminės, jis tvirtai ir ilgiems laikams susiejo savo giminės šaką su Žemaitija. Prūsiška įtaka veikiausiai nulėmė Jeronimo Chodkevičiaus sprendimą: 1547 m. jis siuntė sūnų Joną studijuoti į protestantišką Karaliaučiaus universitetą, o 1559 m. iš Šaukėnų dvaro rašytame laiške prašė Albrechto atsiųsti jam liuteronų dvasininką.
Keisti tikėjimą skatino ir noras prilygti didžiosioms giminėms – pirmiausia Radviloms. Todėl Jeronimas Chodkevičius ne tik pakeitė tikėjimą, bet Lietuvos didikų pavyzdžiu pasirūpino išskirtinumą žyminčiu vakarietišku titulu. 1555 metais Šventosios Romos imperatorius Karolis V Chodkevičių pakėlė į Šklovo ir Mišo grafus.
Vakarietiškoje Chodkevičių šakoje gimė du garsūs giminės atstovai – Jeronimo sūnus Jonas ir anūkas Jonas Karolis. Tuo metu tarp Lietuvos diduomenės atstovų buvo paplitusi kelionių ir studijų Europos universitetuose tradicija, todėl Jeronimo ir Onos sūnus Jonas Chodkevičius jaunystę leido užsienio universitetuose ir valdovų dvaruose – studijas Karaliaučiuje, Leipcige ir Vitenberge keitė dvaro gyvenimo ir karybos pamokos imperatoriaus Karolio V dvare.
Galbūt religinės diskusijos Vokietijoje (jam ten būnant, 1555 m. sudaryta Augsburgo religinė taika) ir vėlesni ieškojimai paskatino jį dar kartą susimąstyti apie tikėjimo pakeitimą. 1572 metais Jonas Chodkevičius priėmė katalikišką mokymą ir užbaigė religinės genealogijos trejybę: senelis stačiatikis – tėvas protestantas – sūnus katalikas. Bet prieš tai nutiko įvykis, kurio dėka šio Chodkevičiaus vardas įėjo į Lietuvos valstybingumo ir diplomatijos istoriją.
Lemiamas posūkis – unija
Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis Žygimantas Augustas seno. Vis mažiau liko vilties sulaukti įpėdinio. Stiprėjant Maskvos pavojui, lenkai ir lietuviai atgaivino derybas dėl unijinių ryšių tarp dviejų tautų ir valstybių sustiprinimo.
Nors ta pačia lenkų kalba šnekantys lenkų ir lietuvių didikai ir toliau ginčydavosi dėl politinės jų valstybių ateities, tačiau giminystės bei draugystės ryšiai siejo vis didesnį abiejų kraštų diduomenės ratą.
Tuo metu vykusiame Livonijos kare prieš Rusiją pasižymėjęs ir 1566 m. Livonijos administratoriumi paskirtas Jonas Chodkevičius suvokė karo pajėgų sutelkimo būtinybę. Dalyvavimas sudarant LDK ir Livonijos uniją (1565–1566) leido jam plačiau vertinti unijinių ryšių pobūdį, o santuoka su Kristina iš lenkų didikų Zbrorovskių giminės suteikė asmeninių ryšių su lenkais patirtį.
Lemiamu derybų etapu lietuvių delegacijai Liubline vadovavo Žemaičių seniūnas Jonas Chodkevičius.
Dar 1562 m. prasidėjusios lenkų ir lietuvių derybos užsitęsė. Abi pusės nepasitikėjo viena kita ir neatsisakė išankstinių nuostatų dėl būsimos unijos. Lemiamu derybų etapu lietuvių delegacijai Liubline vadovavo Žemaičių seniūnas Jonas Chodkevičius.
Dramatiškoje kalboje jis maldavo Žygimantą Augustą apginti savo tėvynę, apeliavo į valdovo pareigą rūpintis pavaldiniais. Jo kalba visiems padarė įspūdį. Jono Chodkevičiaus derybinio lankstumo dėka abi pusės ryžosi nuolaidoms ir kompromisams.
1569 metų liepos 1 d. lenkai ir lietuviai pagaliau sudarė uniją. Išsižadėję vienašališkų reikalavimų, jie sukūrė lygiaverčiais pagrindais funkcionuojančią Abiejų Tautų Respubliką.
Giminei ir tėvynei
Sykiu Jonas Chodkevičius rūpinosi ir savo bei giminės vardo įtvirtinimu. Dar 1568 m. jis praplėtė tėvo iš imperatoriaus gautą grafo titulą Bychovo ir Glusko valdoms. Prie senojo tradicinio Chodkevičių Kosciešos herbo pridėjo vakarietišką grafo titulą atitinkantį Grifą.
1572 metais netoli sienos su Livonija jam priklausančiai Skuodo vietovei suteikė Magdeburgo teises ir savo vardą – Johanesburgą.
1572 metais netoli sienos su Livonija jam priklausančiai Skuodo vietovei suteikė Magdeburgo teises ir savo vardą – Johanesburgą. Pasinaudojęs Livonijos administratoriaus padėtimi, kvietė jame gyventi Livonijos vokiečius, plėtojo miestelio ir savo dvaro ekonomiką.
Nors pats jau buvo katalikas, nurodė pastatyti atvykėliams liuteronų bažnyčią, kuri turėjo stovėti šalia katalikų bažnyčios. Tokia bažnytinė politika atitiko šeiminę tradiciją (jo žmona ir kelios dukterys buvo kalvinistės) ir 1563 m. valstybėje paskelbto Tolerancijos edikto dvasią.
Gyvenimo pabaigoje Jonas Chodkevičius dar kartą pademonstravo derybininko talentą. 1578 ir 1579 metais jis parėmė Vilniaus vyskupo Valerijono Protasevičiaus pastangas reorganizuoti Vilniaus jėzuitų kolegiją į universitetą.
Didžioji dalis LDK senatorių protestantų (tarp jų ir abu LDK antspaudų turėtojai – kancleris ir pakancleris) priešinosi katalikiško universiteto steigimui. Ryžtingas daug mačiusio ir autoritetą darbais pelniusio žmogaus žodis padėjo karaliui ir didžiajam kunigaikščiui Steponui Batorui baigti šį reikalą.
1579 metų balandžio 1 d. Vilniaus universiteto steigimo dokumentas buvo paskelbtas ir netrukus antspauduotas. Po kelių mėnesių Vilniuje Jonas Chodkevičius mirė ir buvo palaidotas Vilniaus katedroje.
Sumanus įvykių stebėtojas Teodoras Jevlašauskis ta proga savo užrašuose pažymėjo, kad „mirė tas didysis ponas, darbais savo prilygstantis valdovams“.
