Seniausio Lietuvos ąžuolo kaimynystėje stovinčioje bažnyčioje ne tik vyksta sakralinės apeigos, bet ir įsikūręs Bažnytinio meno muziejus, kuris dėl avarinės pastato būklės kurį laiką buvo uždarytas. Bėgant laikui, bažnyčia buvo veikiama žalingo aplinkos poveikio, sovietmečiu jos išsaugojimui neskirta pakankamai dėmesio, todėl šio kultūros paveldo objekto restauravimas buvo neišvengiamas.
Atsižvelgdama į būtinybę išsaugoti Stelmužės bažnyčią, šio objekto istorinę bei kultūrinę svarbą, Zarasų rajono savivaldybės administracija įgyvendino projektą „Stelmužės bažnyčios restauravimo darbai“. Savivaldybės pastangomis iš Europos žemės ūkio fondo Kaimo plėtros programos restauravimui buvo gauta 690 tūkst. Lt. Kultūros paveldo departamentas skyrė 145 tūkst. Lt.
Restauravimo projekto autorė – architektė Regina Smilgevičiūtė, projektą rengė VĮ „Lietuvos paminklai“, tvarkybos darbus atliko UAB „Restauracija“ ir UAB „Nivara“. Įgyvendinant projektą, buvo atlikti pamatų, sienojų, perdangų, langų bei durų, stogo, grindų restauravimo darbai, atkurti įėjimo laiptai su aikštelėmis, dalis langų ir durų apvadų bei kitų dekoro elementų, perkaltos fasado lentos, atlikti dažymo darbai, įrengta priešgaisrinė ir apsaugos signalizacija.
Kultūros paveldo direktorė Diana Varnaitė džiaugėsi, kad restauruota Stelmužės bažnyčia ir vėl atvers duris savo lankytojams: „Medinės bažnyčios – ypatingai reikšminga mūsų tautos kultūrinio paveldo dalis, jų išsaugojimui skiriamas prioritetinis valstybės dėmesys, todėl šios unikalios bažnytėlės restauravimas ir išsaugojimas ateities kartoms yra labai svarbus tiek vietos bendruomenei, tiek visos šalies mastu“.
Medinė Stelmužės bažnyčia, turinti klasicistinio stiliaus bruožų, iškilo 1650 m. vokiečių bajorų Folkerzambų iniciatyva, o pastatė ją vien tik kirvį ir kaltą naudoję baudžiauninkai. Vinys panaudotos tik duryse. 1713-aisiais bažnyčia buvo rekonstruota. Tačiau ir tada joje dirbę latvių meistrai sienojus tašė tik kirviais, nenaudodami metalinių vinių ar pjūklų. Vidaus interjeras buvo įrengtas po 1713 metų Folkerzambų lėšomis.
Stelmužės bažnyčios vidus dekoruotas medžio raižiniais, čia yra daug vertingų barokiškų puošmenų – bareljefų, skulptūrų, ornamentikos. Labai gražus altorius su Nukryžiuotuoju ir baroko stiliaus sakykla – tokio tipo sakyklos plito XVII a. pabaigoje – XVIII a. pradžioje Rytų Prūsijoje, analogiška medžio drožyba randama Latvijos ir Lenkijos bei evangelikų liuteronų bažnyčiose Rytų Prūsijoje.
