Katalikybės istorija Estijoje ir Livonijoje prasideda antroje XII a. pusėje. Žinoma, kad 1165 metais prancūzų vienuolis Fulco Prancūzijoje buvo paskirtas estų vyskupu, o 1186-1196 metais Meinhardas buvo Livonijos vyskupas.
1201 metais vyskupas Albertas pašvenčia visą Livoniją Mergelei Marijai. Nuo to laiko Estijos teritorijos vadinamos Marijos žeme.
1215 metais popiežius Inocentas III pašvenčia Livoniją ir Estiją Mergelei Marijai.
1219 metais Danijos karalius Valdemaras II atvyksta į Taliną su didžiulėmis karinėmis pajėgomis, o ant Tompėjos kalvos iškart prasideda bažnyčios, dabartinės Domo bažnyčios, Švč. Mergelės Marijos katedros (est. Toomkirik) pirmtakės, statybos.
1229 metais dominikonų ordino vienuoliai atvyksta iš Danijos į Taliną, kad įkurtų vienuolyną ant Tompėjos kalvos.
1249 metais Talino centre įkuriamas cistercijonų ordino Šv. Mykolo moterų vienuolynas.
1260 metais dominikonai atsikelia į centrą ir tęsia savo veiklą dabartinės Šv. Petro ir Pauliaus katedros vietoje.
1407 metais greta miesto sienos įkuriamas Šv. Brigitos įsteigto Švč. Išganytojo ordino vienuolynas.
1523 metų rudenį Martinas Liuteris parašo laišką „Išrinktiesiems mylimo Dievo draugams Rygoje, Taline, Tartu ir Livonijoje“, kuris tampa reformacijos Taline pradžia.
1524 metais Taline įvyksta ikonoklazmas. Žemutiniai miesto sluoksniai sunaikina Šv. Kotrynos bažnyčios, Šventosios Dvasios bažnyčios ir Šv. Olafo bažnyčios altorius, paveikslus ir šventųjų statulas.
1525 metų sausio 12-ąją Talino miesto taryba priima sprendimą išvaryti dominikonus iš Talino. Talino centre nugali reformacija.
1561 metais kartu su miesto centru Estijos kunigaikštystė prisiekia ištikimybę Švedijos karaliui protestantui, ir, panašu, dėl to nebevyksta katalikų religinės apeigos ant Tompėjos kalvos. Iki to laiko Šventosios Mišios tebebuvo laikomos Švč. Mergelės Marijos katedroje ant Tompėjos kalvos, tačiau miesto gyventojams jose lankytis būdavo draudžiama ir už tai grėsdavo bausmės.
1577 metais Piritos Šv. Brigitos vienuolynas, kuris tuo metu buvo už miesto ribų, galiausiai yra užimamas Rusijos kariuomenės ir nustoja veikti.
1582 metais Tartu kartu su Livonijos teritorijomis patenka į Lenkijos teritoriją. 1583-aisiais į Tartu atvyksta jėzuitai – keturi kunigai ir du broliai. Tais pačiais metais jėzuitai Tartu atidaro gimnaziją.
1600 metais Tartu kolegijoje yra 31 jėzuitas, iš jų devyni kunigai.
1625 metais Tartu miestas pasiduoda Švedijos kariuomenei, o jėzuitai ir katalikų dvasininkai palieka miestą.
1798 metais Ispanijos generolas Jacobas, grafas Castro de Lacerda, Talino garnizono vadas, pareikalauja bažnyčios savo katalikams kariams. Naujai įsteigtai parapijai suteikiamas buvusio dominikonų vienuolyno refektoriumo pastatas. Parapija priklauso Mogiliavo arkivyskupijai.
1830 metais įkuriama Tartu parapija.
1832 metais Talino parapija išauga iki beveik 1500 žmonių, nes Rusijos vyriausybėje tarnauja lenkų, o Taline yra vokiečių ir lenkų pirklių. Refektoriumo pastatas, kur gali tilpti tik iki 300 žmonių, ir techniškai bloga jo būklė nebetenkina parapijos poreikių. Pradedamos organizuoti naujo parapijos pastato statybos. Pirmąjį planą parengia architektas Rossi iš Sankt Peterburgo. Pagal planus ir biudžetą, parengtus pagal gubernatoriaus Benkendorfo įsakymą, 1841-aisiais pradedama statyti Šv. Petro ir Pauliaus bažnyčia. Išardžius saugyklas ir pietinę refektoriumo sieną, pastatomas beveik visiškai naujas pastatas.
1835 metais savo veiklą pradeda Narvos parapija.
1845 metais Taline pašventinama nauja Šv. Petro ir Pauliaus bažnyčia. Naujieji maldos namai buvo trijų navų pseudo-gotikinė salė-bažnyčia su platesne centrine nava ir siauresnėmis šoninėmis navomis.
1899 metais Tartu pastatyta Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo bažnyčia.
1907 metais baigiamos statyti Valgos Šv. Dvasios bažnyčia (iš pradžių vadinta Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia) ir Narvos Šv. Antano bažnyčia.
1914 metais, arba prieš Pirmąjį pasaulinį karą, Estijoje gyvena beveik 6 000 katalikų. Tuo metu Estijos Katalikų bažnyčios nariai daugiausia yra Lenkijos ir Lietuvos piliečiai, atvykę į Estiją kaip darbuotojai, valstybės tarnautojai ar kareiviai.
1918 metų rugsėjo 22-ąją atkuriama 1566-aisiais likviduota Rygos vyskupija, o Estijos parapijos tampa pavaldžios Rygos vyskupijai.
1920 metais Estijoje gyvena beveik 2 000 katalikų, maždaug pusė iš jų – Taline.
1920 metais nugriaunamas dviejų aukštų pastatas su rūsiu šiaurės vakariniame dominikonų vienuolyno komplekso kampe, todėl bažnyčios vakarinė siena tampa laisva; vėliau architektai E.Jacobi ir F.de Vries ją suprojektuoja kaip vakarinį paradinį jos fasadą.
1921 metų rudenį popiežius Benediktas XV pasiunčia apaštališkąjį vizitatorių Rygos vyskupijoje jėzuitą Antonio Zecchini į Estiją.
1922 metų spalio 25 dieną popiežius Pijus XI paskiria Antono Zecchini apaštališkuoju delegatu trims Baltijos šalims. Arkivyskupas Zecchini paskiria savo ordino brolį Josephą Kartte Talino kunigu.
1924 metų lapkričio 1 dieną Estijos katalikų bažnyčia palieka Rygos arkivyskupiją, kai Šventasis Sostas įsteigia apaštališkąją administraciją Estijoje ir paskiria arkivyskupą A.Zecchiną pirmuoju apaštališkuoju administratoriumi.
1927 metų sausio 24 dieną Vidaus reikalų ministerija pripažįsta katalikų parapijų įstatus, pagal kuriuos vyskupas ar popiežiaus atstovas, gavęs Vidaus reikalų ministerijos leidimą, gali įdarbinti užsieniečius kunigus, jei nepakaktų religinių tarnautojų estų, o būsimiesiems kunigams leidžiama mokytis užsienyje.
1930 metais įkuriama Pernu parapija.
1930 metų gruodžio 4 dieną jėzuitas Eduardas Profittlichas atvyksta tarnauti kunigu į Šv. Petro ir Pauliaus parapiją. Jis supranta, kad darbas Estijoje gali būti sėkmingas tik tuo atveju, jei estai būtų patraukti Katalikų bažnyčios pusėn, kuri iki tol buvo vadinama „Lenkijos bažnyčia“. Talino regionas lieka prižiūrimas jėzuitų.
1931 metų gegužės 11-ąją vietoj arkivyskupo Antonino Zecchini apaštališkuoju administratoriumi paskiriamas Eduardas Profittlichas.
1933 metų spalio 18 dieną Antonino Arata paskiriamas Estijos Respublikos reikalų patikėtiniu, o 1935 metų liepos 12-ąją – Latvijos ir Estijos nuncijumi.
1934 metais įkuriama Rakverės parapija.
1936 metų lapkričio 27-ąją popiežius Pijus XII paskiria Eduardą Profittlichą Adrianopolio tituliniu arkivyskupu.
1936 metų gruodžio 27-ąją Šv. Petro ir Pauliaus bažnyčioje Eduardą Profittlichą į vyskupus įšventina nuncijus Antonino Arata, padedamas Rygos pagalbinio vyskupo Jazepo Rancano ir apaštališkojo vikaro Suomijoje vyskupo Guillaume Cobbeno.
1940 metų birželio 27-ąją Eduardas Profittlichas areštuojamas; jis kaltinamas šnipinėjęs Vokietijai ir palaikęs ryšius su Vokietijos ambasada perkėlimo metu. Jo įpėdiniu, laikinuoju apaštališkuoju administratoriumi, paskiriamas Henri Werlingas.
1940 metų rugpjūčio 26-ąją nuncijus Antonino Arata išsiunčiamas iš šalies. Jis palieka Baltijos šalis su Latvijos ir Estijos vėliavomis savo lagamine ir pažada jas saugoti Vatikane, kol abi šalys atgaus savo nepriklausomybę.
1942 metų vasario 22-ąją Kirovo kalėjime miršta Eduardas Profittlichas. Teismas jau anksčiau buvo pripažinęs jo kaltę dėl „draudžiamos pagalbos Katalikų bažnyčios darbuotojams emigruoti“ ir „kontrrevoliucinės veiklos ir agitacijos bažnyčioje“; jam buvo skirta „mirties bausmė sušaudant“.
1942 metų gegužės 6-11 dienomis Rygos arkivyskupas Springovičius išsiunčia savo pagalbinį vyskupą Jazepą Rancaną į Estiją, kur jis 1942-ųjų gegužės 10 dieną įšventina į kunigus Aleksandrą Dordettą, kuris vėliau tampa Vienos universiteto bažnytinės teisės mokslininku.
1945 metų rugpjūčio 15-ąją deportuojamas laikinasis apaštališkasis administratorius Henri Werlingas.
1952 metais į Taliną atvyksta Mikelis Krumpanas (1916-1987), kuris tarnavo parapijos kunigu. Sovietų Sąjungos metais katalikų organizacijos neturi konstitucinių ir susirinkimo teisių, taip pat draudžiama leisti katalikišką literatūrą. Neleidžiama ir ruošti vaikų Pirmajai Komunijai, taip pat draudžiamas bet koks aktyvus vaikų ir jaunimo dalyvavimas religinėse apeigose: tiek giedoti choruose, tiek būti patarnautojais. Be to, paimta didelė Bažnyčios nuosavybės dalis. Taline Mikelis Krumpanas yra priverstas gyventi bažnyčios bokšte. Estijos Katalikų bažnyčia vėl tampa lenkų ir lietuvių „nacionaline bažnyčia“. Tėra nuo penkių iki dešimties estų tautybės katalikų.
Praėjusio amžiaus 8-e dešimtmetyje sumažėjus valstybiniam spaudimui bažnyčios lankytojų skaičius išauga. Tarp Liuteronų bažnyčios narių taip pat susikuria katalikiškas judėjimas.
1975-1990 metais Taline pakrikštijami 200 suaugusių estų. Taip pat į katalikybę atsiverčia nemažai intelektualų, o tai padeda parapijai atsigauti.
1985 metų spalio 6-ąją Reinas Ounapuu baigia teologijos studijas ir Rygoje yra įšventinamas į kunigus. 1987 metais jis vienintelis tampa atsakingas už Estijos katalikus. Iš dalies dėl savo glaudžių ryšių su Helsinkio vyskupu Paulu Verschurenu, per kurį jis taip pat susisiekia su Vatikanu, R.Ounapuu intensyviai dirbant pavyksta stabilizuoti padėtį nedidelėje Estijos bažnyčios bendruomenėje, kai užklumpa sudėtinga situacija dėl daugybės krikštynų (apie 200) ir atsivertimų į katalikybę (apie 150), ir sustiprinti jos poziciją. Nuo 1990 metų jis vėl pradeda leisti mėnesinį žurnalą „Bažnyčios gyvenimas“, kuris tampa populiarus ir už Katalikų bažnyčios ribų.
1990 metais įkuriama Ahtmės parapija.
1991 metais Taline savo veiklą pradeda Ukrainos parapija su Rytų liturgija.
1993 metais įkuriama Silamejės parapija.
1993 metais Tartu atidaroma katalikiška mokykla.
1993 metų rugsėjo 10-ąją popiežius Jonas Paulius II aplanko Estiją.
2001 metais Piritoje pašventinamas naujas Šv. Brigitos Švč. Išganytojo ordino vienuolynas.
2005 metų kovo 23-ąją popiežius Jonas Paulius II paskiria Philippe’ą Jourdaną Pertuzos tituliniu vyskupu ir apaštališkuoju administratoriumi Estijoje.
2005 metų rugsėjo 10-ąją Taline Šv. Olafo bažnyčioje į vyskupus įšventinamas Philippe’as Jourdanas. Ceremonijai vadovauja arkivyskupas Peteris Stephanas Zurbriggenas, padedamas vyskupų.
***
Estijoje veikia Opus Dei prelatūra, bendruomenė „Neokatechumeninis kelias“ ir kunigų seminarija Redemptoris Mater.
Be to, veikia dominikonų ordinas, Šv. Brigitos Švč. Išganytojo ordinas, Šv. Pranciškaus Trečiasis ordinas, Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo Vargdienių seserų kongregacija, Labdaros misionierių, arba Motinos Teresės seserų, ordinas.
Iš viso Estijoje, 2018-ųjų balandžio duomenimis, tarnauja:
1 vyskupas
12 kunigų.
18 ordinų seserų ir vienas dominikonų brolis kunigas.
