Pagrindinę Lietuvos ir Vilniaus katalikų šventovę sovietai uždarė 1949 metais, po metų buvo nuverstos ir susprogdintos šventųjų skulptūros, Katedra ne vieną kartą buvo apiplėšta, išvogtos vertybės.
Tik 1953 metais karstas su Šv. Kazimiero palaikais perkeltas į Šv. apaštalų Petro ir Povilo bažnyčią (grąžintas į arkikatedrą 1989 m.). Tais pačiais metais Katedra atiteko Dailės muziejui, buvo perdažyta, įrengta šildymo sistema, o 1956 m. joje įrengta Paveikslų galerija.
Grąžinta tikintiesiems 1988 m. spalį
Apie tai, kad Vilniaus arkikatedra vėl bus atvira tikintiesiems, paskelbta 1988 metų spalio 22 dieną per „Sąjūdžio“ suvažiavimą. Jau kitą rytą Lietuvos vyskupai ir kardinolas Vincentas Sladkevičius aukojo šv. Mišias prie grąžintos Katedros durų. Tada sekė restauravimo darbai, atstatytas altorius, sakykla, vyskupo sostas.
Vasario 5-oji buvo ta diena, kai Vilniaus arkikatedra iškilmingai atšventinta. Sovietų ilgai tremtyje Žagarėje laikytas Vilniaus arkivyskupas Julijonas Steponavičius atgailos ir atsiprašymo ženklan prieš didįjį altorių atsigulė kryžiumi, tuo metu klierikų choras giedojo „Visų šventųjų litaniją“. Chorui giedant atgailos psalmes arkivyskupas J.Steponavičius iš naujo pašventino altorių ir arkikatedros sienas.
Arkivyskupas J.Steponavičius vadovavo šv. Mišioms, koncelebravo vyskupai Antanas Vaičius, Juozas Preikšas, Panevėžio vyskupijos valdytojas prelatas Kazimieras Dulksnys, buvęs Vilniaus arkivyskupijos valdytojas prelatas Algirdas Gutauskas, Kauno Kunigų seminarijos rektorius kun. Viktoras Butkus.
Per šv. Mišias giedojo naujai susikūręs Katedros choras, vadovaujamas vargonininko Prano Sližio. Pamaldose dalyvavo kitų religinių konfesijų dvasininkai.
Katedra – mūsų tautos istorijos barometras. Kai šviesu krašte, šviesu ir Katedroje; kai tamsu krašte – tamsu Katedroje, – maldininkus 1989 m. vasario 5 d. pasveikino kun. Vaclovas Aliulis.
Tų metų kovo 19 dienos Lietuvos katalikų bažnyčios kronikos 81 numeryje rašoma: „1989 m. vasario 5 d. po 40 metų trukusio neteisėto atėmimo Lietuvos tikintieji iškilmingai sugrįžo į su lietuvio dvasia nedalomai suaugusią Tautos šventovę – Vilniaus katedrą.
Vasario 3 d. visoje Vilniaus arkivyskupijoje buvo paskelbta kaip pasninko ir atgailos diena. Iškilmių dieną nuo ankstyvo ryto miestas svetingai sutiko džiaugsmingai nusiteikusius maldininkus. Katedra netalpino norinčių į ją patekti, atvykę maldininkai, tikrai neeilinį istorijos momentą pergyvenantys Lietuvos gyventojai užpildė aikštę. Tą dieną pamaldas iš Vilniaus Arkikatedros bazilikos tiesiogiai transliavo ir Lietuvos televizija (tiesa, nepilnai transliacijai buvo skirta 2 valandos)“, – tokią Katedros atšventinimo dieną aprašė Kronika.
Nors kelis mėnesius Katedra buvo rekonstruojama, iki iškilmių spėta ne viskas. Arkikatedros vidus švietė atnaujintu altoriumi, bet nemažai koplyčių tebebuvo uždarytos – nesuremontuotos ir be grindų.
„Katedrai trūksta liturginių indų ir rūbų. Tačiau materialiniai trūkumai nemažino šventės džiaugsmo. Aukštai navose virš didžiojo altoriaus tautiniais rūbais pasipuošęs jaunimas laikė Popiežiaus ir Lietuvos vėliavas; iš skirtingų Lietuvos kampelių susirinkę vaikai ir jaunimas bandė talpintis presbiterijoje ir šoninėse navose; į iškilmes atvyko ir Latvijos katalikiško jaunimo delegacija“, – nuotaiką atšventinimo iškilmių metu aprašė Lietuvos katalikų bažnyčios kronika.
Iškilmių pradžios nekantriai laukiančius maldininkus pasveikino kun. Vaclovas Aliulis: „Katedra – mūsų tautos istorijos barometras. Kai šviesu krašte, šviesu ir Katedroje; kai tamsu krašte – tamsu Katedroje. Istorijos bėgyje ji buvo dažnai nuniokojama, bet visada, kai tik atsikurdavo kraštas, atsikurdavo ir Katedra.
Pradėsime brangias iškilmes. Šiandien atsinaujinimo metai išgyvena vieną iš savo šventų viršūnių – sugrįžtame į pirmąją Lietuvos šventovę – Vilniaus Katedrą. Po mūsų kojomis protėvių, gyvenusių prieš 600-800 m. kaulai, krikščioniškų altorių ir aukurų likučiai. Čia Mindaugo, Jogailos statytų Katedrų pamatai, kunigaikščio Vytauto statytos sienos, čia daug kentėjusi ir vėl prisikėlusi mūsų šventoji Katedra.“
Viešpats tikrai laimins ir jo palaima mus lydės, – per atšventinimo iškilmes kalbėjo vyskupas J.Steponavičius.
Kronika toliau rašo: „Keliolika minučių prieš 12 val. kunigų, klierikų ir sunkiai suskaitoma baltais bei tautiniais rūbais pasipuošusio vaikų ir jaunimo procesija išėjo sutikti iš 28 metus trukusios priverstinės tremties į Katedrą grįžtančio Vilniaus vyskupo Julijono Steponavičiaus.
Ganytojas keliais žodžiais kreipėsi į maldininkus, kviesdamas visus bendra malda kuo nuoširdžiausiai atsiprašyti ir padėkoti Visagaliui, kad po 40 metų pertraukos vėl gali sugrįžti į savo sielos namus – Katedrą.
„Viešpats tikrai laimins ir jo palaima mus lydės“, – išreiškė nelengvose tremties sąlygose subrandintą nepalaužiamą ištikimybę ir pasitikėjimą Dievu vyskupas J.Steponavičius.
Arkikatedros atšventinimo apeigos buvo iškilmingos – arkivyskupas J.Steponavičius gulė kryžiumi priešais didįjį altorių, prieš aukojimą klierikai ir tautiniais rūbais pasipuošę jaunuoliai altorių apdengė drobulėmis, papuošė gėlėmis ir uždegė žvakes, centre pastatė kryžių, atnešė šv. Mišių auką – duoną, vyną ir pintinę vaisių.
Arkivyskupas J.Steponavičius pasidžiaugti grąžinta tikintiesiems Katedra galėjo neilgai – okupantų visaip engtas Vilniaus arkivyskupas mirė 1991 metais.
25-ojo jubiliejaus proga vasario 5 dieną Vilniaus arkikatedroje iškilmingas šv. Mišias aukos dabartinis Vilniaus arkivyskupas Gintaras Grušas. Po Mišių – šiuolaikinės sakralinės muzikos koncertas, kuriame skambės penkios Gintaro Samsono Mišių „Missa Pro Annis Sescentis Archicathedrae Basilicae Kaunensis“ dalys, Vidmanto Bartulio „Credo“ ir Algirdo Martinaičio „Obalsis Žemaičių krikšto 600 metų jubiliejui“.
Šie kūriniai sukurti 2013 metais, minint vieną ar kitą išskirtinę Lietuvos Katalikų Bažnyčios jubiliejinę datą. G.Samsono Mišios sukurtos Kauno arkikatedros bazilikos 600 metų jubiliejui. V.Bartulio „Credo“ – Tikėjimo metams paminėti, šis kūrinys pirmą kartą nuskambėjo 2013 m. rugsėjį per Šiluvos atlaidus.
A.Martinaičio kantata „Obalsis Žemaičių krikšto 600 metų jubiliejui“ pirmą kartą buvo atlikta 2013 m. spalį Telšių katedroje jubiliejinių iškilmių metu.
