Įsteigus VAAT, biurokratinis aparatas ne padidės, o sumažės penkiais etatais, nes naujoji tarnyba steigiama siekiant optimaliai perskirstyti funkcijas nedidinant Aplinkos ministerijai pavaldžių ir aplinkos ministro valdymo sritims priskirtų valstybės institucijų valstybės tarnautojų ir darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis, skaičiaus.
Prie naujosios tarnybos bus prijungti visi aštuoni regionų aplinkos apsaugos departamentai (RAAD), kuriuos numatyta reorganizuoti iki 2015 m. sausio 1 dienos. Įsteigus VAAT ir prie jos prijungus RAAD‘us, septyniomis sumažės įstaigų prie Aplinkos ministerijos skaičius. RAAD‘ai bus nebe savarankiški Aplinkos ministerijos padaliniai, o struktūriniai VAAT padaliniai.
Ši pertvarka leis atskirti aplinkos apsaugos valstybinę kontrolę ir leidimų išdavimą, taigi sumažės korupcijos apraiškų tikimybė, bus suvienodintas ūkio subjektams keliamų aplinkosaugos reikalavimų taikymas ir verslo sąlygos regionuose.
Leidimų išdavimo ir aplinkosauginio reguliavimo funkcijas ir toliau vykdys Aplinkos apsaugos agentūra, o aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės priežiūros funkcijas – naujoji Valstybinės aplinkos apsaugos tarnyba, kuriai bus pavaldūs regionų aplinkos apsaugos departamentai.
