Be to, ligoninės veikla yra nuostolinga, artėjama prie nemokumo ribos ir yra labai didelė bankroto tikimybė.
Be įsiskolinimų, rasta ir kitų pažeidimų: užsitęsusios skolos kreditoriams, darbuotojams ne laiku mokami atlyginimai, nesilaikant verslo apskaitos standartų vykdyta buhalterinė apskaita, nesivadovauta inventorizacijai nustatytais principais, inventorizacija atlikta atgaline data, klaidingai apskaitytas ilgalaikis ir trumpalaikis turtas taip pasididinant finansinius veiklos rezultatus, ligoninė neturi žemės nuomos sutarties, nesudaryta sutartis su Savivaldybės administracija dėl ilgalaikio ir trumpalaikio turto panaudos, pagal atitinkamus teisės aktus nepakeisti įstatai, įstaigoje veikia Černobylio medicinos centras bei Agresijos aukų sveikatos centras, kuriuose nevykdoma faktinė veikla, rasta daugybė LR teisės aktų pažeidimų.
Sapiegos ligoninės tuometinis vadovas yra tiesiogiai atsakingas už rastus pažeidimus ir sudėtingą dabartinę finansinę situaciją. Dėl padarytų pažeidimų ir buvusio vadovo atsakomybės Savivaldybė kreipsis į teisėsaugos institucijas.
Vilniaus miesto savivaldybė nuo liepos 1 d. yra perėmusi Sapiegos ligoninės dalininko teises, pareigas ir turtą. Auditoriai vertino 2008–2009 metų ir 2010 metų pirmojo pusmečio Sapiegos ligoninės veiklos rezultatus.
