Pagal projektą, kanclerį penkerių metų kadencijai į pareigas priimtų ir atleistų ministras.
Taip pat siūloma riboti kanclerio kadencijų skaičių – jis galėtų būti skiriamas į pareigas ne daugiau kaip dvi kadencijas iš eilės.
Projekto autorių teigimu, pagal priskirtas funkcijas ministerijos kancleris yra ministerijos administracijos vadovas, jis kontroliuoja ministerijos administracinę-ūkinę veiklą, ministro pavedimu priima į pareigas ir atleidžia iš jų darbuotojus, atlieka kitas ministro nustatytas funkcijas, – iš esmės vykdo įstaigos vadovo veiklą.
„Ministerijos kancleris tiesiogiai nedalyvauja formuojant atitinkamos srities politiką, o tik ją įgyvendina, organizuodamas ministerijos administracijos padalinių darbą, todėl yra tikslinga išlaikyti ministerijos kanclerio politinį neutralumą“, – projekto aiškinamajame rašte teigia autoriai.
2018 metų pabaigoje Seimas priėmė Vyriausybės įstatymo pataisas, kad ministerijų kancleriai turi būti politinio pasitikėjimo valstybės tarnautojai. Ši tvarka pradėjo galioti nuo 2019 metų sausio.
Ministerijų kanclerius iš karjeros tarnautojų paversti politinio pasitikėjimo pareigūnais tuomet pasiūlė taip pat valdančiųjų „valstiečių“ atstovai – Guoda Burokienė, Aušrinė Norkienė, Raimundas Martinėlis (jis vėliau perėjo į konservatorių frakciją), Vida Ačienė ir Jonas Jarutis.
Jų teigimu, reikėjo suvienodinti ministerijų kanclerių skyrimo tvarką su Vyriausybės ir Prezidentūros kanclerių skyrimo tvarka. Šių dviejų institucijų kancleriai jau turėjo politinio pasitikėjimo pareigūnų statusą.
Opozicijos atstovai tada kritikavo, kad kanclerius padarius politinės komandos nariais, kurie keisis drauge su ministrais, nebeliks darbų tęstinumo ministerijose.
Tuo metu už pataisą agitavę valdantieji tvirtino, kad dabar ministerijų kancleriai trukdo įgyvendinti Vyriausybės programą, o atleidžiami skundžiasi teismui.
Iki 2019 metų ministerijų kancleriai buvo karjeros tarnautojai, skiriami ketverių metų kadencijai konkurso būdu.
