Sprendimas perkelti centrą iš Vilniaus į Kauną buvo priimtas 2019 m. pabaigoje, siekiant sumažinti ESSC veiklos riziką, susijusią su galimomis geopolitinėmis grėsmėmis bei norint sutrumpinti greitiems sprendimams vykdyti reikalingą reakcijos laiką.
Centrą perkelti į Kauną nuspręsta po darbo grupės susitikimo, kuriame dalyvavo Lietuvos kariuomenės Gynybos štabo, Lietuvos grėsmių valdymo ir krizių prevencijos biuro, Lietuvos kariuomenės Dr.Jono Basanavičiaus karo medicinos tarnybos bei Mobilizacijos ir pilietinio pasipriešinimo departamento prie Krašto apsaugos ministerijos atstovai.
Vilniuje lieka dirbti dalis ESSC darbuotojų, kurie, esant poreikiui, užtikrins operatyvų bendradarbiavimą su kitomis valstybės institucijomis.
Pranešime teigiama, kad priimti sprendimai nepareikalaus papildomų biudžeto lėšų ir leis optimaliai įgyvendinti, stiprinti ir plėsti ESSC funkcijas.
ESSC įgyvendina valstybės politiką ekstremaliųjų sveikatai situacijų valdymo srityje: kuria ir plėtoja nacionalinę ekstremaliųjų situacijų valdymo sistemą, koordinuoja Lietuvos nacionalinės sveikatos sistemos įstaigų pasirengimą ir veiklą ekstremaliųjų situacijų atvejais, yra atsakingas už valstybės medicinos rezervo tvarkymą.