Nevyriausybinės organizacijos nerimauja, kad tai religinėms bendruomenėms suteiks pranašumą valstybės skelbiamuose konkursuose.
Pasak LRT, pirminiame įstatymo variante Registrų centras turėjo spręsti, ar pelno nesiekianti organizacija gali vadintis NVO ir pretenduoti į finansavimą. Vienas iš tokių kriterijų – ar organizacija teikia metines veiklos ir finansines ataskaitas. Tokiu atveju religinės bendruomenės nebūtų galėjusios tokio statuso gauti, nes šių ataskaitų nėra įpareigotos teikti.
Tačiau Seimo Valstybės valdymo ir savivaldybių komitete nuspręsta, kad pats organizacijos vadovas nustatys, NVO tai ar ne NVO.
LRT Tyrimų skyrius teigia, jog Lietuvos vyskupų konferencijai buvo suteiktos išskirtinės sąlygos keisti NVO plėtros įstatymą ir išbraukti tuos punktus, kurie jai nenaudingi.
LRT duomenimis, dvasininkų bendruomenė aktyviai užsiima ir verslais – nuo viešbučių ir laidojimo namų iki statybos įmonių, vėjo jėgainių ir bendro verslo su prieštaringai vertinamu verslininku Arūnu Pukeliu.