1992 metų liepos 4-ąją buvo pašventintos atkuriamų Lietuvos karinių jūrų pajėgų vėliavos ir įteiktos tuometinių Pakrančių apsaugos rinktinės Atskirojo laivų diviziono laivų vadams, tad ši data laikoma Karinių jūrų pajėgų atkūrimo pradžia.
Anot Lietuvos kariuomenės, šiandien Karinės jūrų pajėgos yra reikšminga kariuomenės dalis, užtikrinanti šalies ir jos piliečių saugumą Lietuvos teritorinės jūros vandenyse ir išskirtinėje ekonominėje zonoje Baltijos jūroje.
Karinės jūrų pajėgos taip pat sėkmingai vykdo savo užduotis bei įsipareigojimus tarptautiniams partneriams, nuolat dalyvaudamos nacionalinėse ir tarptautinėse pratybose, tarptautinėse operacijose, skirdamos laivus į nuolatinės parengties NATO laivų junginius.
Pajėgos per 31-erius metus augo ir stiprėjo: dabar jas sudaro Karo laivų flotilė, Jūros ir pakrančių stebėjimo tarnyba, Jūrų gelbėjimo koordinavimo centras, Uosto ir priekrantės gynybos tarnyba, Mokymo centras ir Logistikos tarnyba.
Karo laivų flotilės rikiuotėje yra septyni kariniai laivai, paieškos ir gelbėjimo laivas bei du uosto kateriai.
