Šiose kapinėse palaidoti Lietuvos kariai, žuvę už Tėvynę ar tarnavę Lietuvos kariuomenėje 1918–1940 m. 2006 metais Kultūros paveldo departamento darbuotojai inicijavo šio kultūros paveldo objekto skelbimą valstybės saugomu. Tais pačiais metais pradėtas rengti nekilnojamojo kultūros paveldo apsaugos specialusis planas. Šiemet spalio pradžioje kapinėms suteiktas valstybės saugomo objekto statusas.
Aukštųjų Šančių kapinės įkurtos 1891 m. už tuometinių Kauno miesto ribų Rusijos kariuomenės Kauno įgulos kariams. 1932 m., po Aukštųjų Šančių prijungimo prie Kauno miesto, kapinių ribos buvo išplėstos. Iš viso kapinėse istoriškai susiformavo 7 laidojimo kvartalai, vienas kurių – Lietuvos karių kapai. Lietuvos kariai šiose kapinėse pradėti laidoti apie 1922 m. Beveik kvadratinėje teritorijoje buvo laidojami tarnybos metu žuvę ar mirę nuo ligų Lietuvos kariuomenės kariai. Iki 1929 m. buvo užlaidotas ir sutvarkytas Lietuvos karių kapų pirmas sklypas, iki 1940 m. – kiti du sklypai. Pažymėtina, kad kapų eilės antrame sklype atkartojo Gedimino stulpų piešinį.
2001–2007 metais buvo parengtas ir įgyvendintas Lietuvos karių kapų tvarkymo projektas. Kultūros paveldo departamentas prie Kultūros ministerijos šiems darbams skyrė 1 231 000 Lt, Kauno miesto savivaldybė – 95 000 Lt. Betoniniai karių kryželiai pakeisti granitiniais, atkartojant XX a. pr. karių kapų atminimui sukurtą kario kryžiaus modelį (dailininkai Antanas Aleksandravičius ir Adomas Varnas). Seni kryželiai buvo labai sunykę, aptrupėję, o karių pavardės nebeįskaitomos, todėl kapinėse buvo pastatyta apie 560 naujų granitinių kryželių. Tai yra gausiausia Lietuvos karių, žuvusių 1919–1940 m., laidojimo vieta Lietuvoje.
