J.A.Antanaitis gimė 1921 m. rugpjūčio 19 d. Pakruojo rajone. Tėvas ūkininkas daugelį metų buvo Pašvitinio valsčiaus viršaitis.
J.A.Antanaitis baigė Joniškio gimnaziją, 1939 m. įstojo į Vytauto Didžiojo universiteto Inžinerijos fakultetą, kurį 1944 m. baigė ir įgijo inžinieriaus statybininko specialybę.
1944 m. universitete pradėjo dėstyti statybos darbų organizavimą. Dar studijuodamas dalyvavo ateitininkų veikloje. Jis yra 1941 m. birželio 23 d. sukilimo dalyvis, o nuo 1942 m. dalyvavo pogrindinėje Lietuvių fronto veikloje.
1945 m. vasarą jį suėmė sovietinis saugumas ir nuteisė už politinę veiklą. Iki 1954 m. jis kalėjo šiaurėje, daugiausia Vorkutos specialaus režimo lageryje. 1957 m. sugrįžęs į Lietuvą, dirbo projektuotoju.
Kaip teigia jo bendražygiai, J.A.Antanaitis ypatingą dėmesį skyrė iškovotai Nepriklausomybei ginti, žmonių susiklausymui, demokratinėms ir tautinėms vertybėms, 1941 m. sukilimui įprasminti ir įteisinti. Tuo tikslu 2013 m. kartu su Sukilimo dalyviais ir Laisvės kovotojais susitiko su prezidente Dalia Grybauskaite, Seimo pirmininku Vydu Gedvilu ir ministru pirmininku Algirdu Butkevičiumi, kad būtų įteisinta įstatymu 1941 m. birželio 23 d. sukilimo deklaracija.
J.A.Antanaitis buvo apdovanotas Vyčio Kryžiaus ordinu, Kariuomenės kūrėjų savanorių medaliu, Lietuvos Nepriklausomybės medaliu, garbės ženklais ir padėkos raštais.
