Tyrimo metu taip pat nenustatyta, kad institucijų, susijusių su Valdovų rūmų atkūrimu, valstybės tarnautojai ar jiems prilygintini asmenys, atlikdami tiesiogines pareigas, viršijo savo įgaliojimus ar padarė kokią nors kitą nusikalstamą veiką.
Ikiteisminis tyrimas buvo pradėtas pagal Valstybės kontrolės pranešimą ir valstybinio audito ataskaitą, kurioje teigiama, jog Valdovų rūmų atkūrimo išlaidos padidėjo 3,63 karto nuo 114 mln. 670 tūkst. litų (numatytos sumos) iki 367 mln. 669 tūkst. litų (galutinės kainos). Vertindami šiuos auditorių pateiktus duomenis, LKPB tyrėjai, LTEC ekonominių ekspertizių skyriaus ekspertai ir prokurorai nustatė, kad jie nėra tikslūs. Tyrimo metu nustatyta, kad sudarant sutartį dėl Valdovų rūmų statybos, apskritai nebuvo sutarta dėl jų kainos, o tik nustatytas jos apskaičiavimo mechanizmas (formulė). LTEC ekonominių ekspertizių skyriaus ekspertų išvadoje konstatuota, kad iš viso Valdovų rūmų atstatymo darbams tirtu laikotarpiu buvo panaudota 213 mln. 116 tūkst. litų, tuo tarpu Valstybės kontrolės nurodyta gerokai didesnė suma tebuvo prognozuojama visiško rūmų atstatymo kaina.
Atlikus papildomus tyrimo veiksmus – apklausus liudytojus, apžiūrėjus objektus ir ištyrus papildomai surinktus dokumentus, buvo nustatyta, kad visų piniginių lėšų panaudojimo aplinkybės nesudaro jokio nusikaltimo sudėties – visos lėšos buvo panaudotos teisėtai, jų panaudojimas tinkamai pagrįstas reikiamais dokumentais.
Audito ataskaitoje ginčijami restauravimo darbų įkainiai ir specialūs normatyvai, tačiau tyrimą atlikę tyrėjai ir ekspertai nenustatė, kad būtų buvę apmokama už neatliktus darbus ar nepagrįstai daug mokama už atliktus darbus. Visų apmokėtų darbų faktinis atlikimas patvirtintas tiek dokumentais, tiek ir liudytojų parodymais.
Prokuroro nutarime nutraukti ikiteisminį tyrimą nurodoma, kad Valstybės kontrolė savo vertinimuose neatsižvelgė, kad 2000 metais su Valdovų rūmų atkūrimu susijusių institucijų darbuotojai, skaičiavę ir ruošę pirminius Valdovų rūmų atstatymo dokumentus, neturėjo objektyvių galimybių įvertinti ir žinoti kaip 2000-2010 m. laikotarpiu keisis statybos medžiagų, darbo užmokesčio ir kitos rinkos kainos, kokie bus archeologinių ir kitų tyrimų rezultatai bei kokie sprendimai bus priimti įgyvendinant Seimo priimtą Valdovų rūmų atkūrimo įstatymą bei Vyriausybės patvirtintą Valdovų rūmų atkūrimo ir paskirties koncepciją, todėl teisėtai rangos sutartyje galėjo nenurodyti tikslios galutinės Valdovų rūmų atkūrimo kainos, bet nurodyti jos apskaičiavimo būdą (formulę).
Ikiteisminį tyrimą organizavo Generalinės prokuratūros prokurorai, jį atliko LKPB pareigūnai, ekspertinius tyrimus darė LTEC Ekonominių ekspertizių skyriaus ekspertai, kurie surašė 8 specialisto išvadas, tyrimo metu apklausta beveik 60 liudytojų, bylos medžiagą sudaro 70 tomų.
