Vilniaus universitete ji yra baigusi filosofijos specialybę, apgynė daktaro disertaciją apie Immanuelio Kanto filosofiją, mokėsi ir stažavosi Vokietijos ir Prancūzijos universitetuose.
N.Putinaitė yra paskelbusi straipsnių etikos, filosofijos istorijos, kultūros istorijos temomis, išvertusi, sudariusi ir parašiusi keletą knygų, teigiama Švietimo ir mokslo pranešime spaudai.
N.Putinaitė buvo Kultūros, filosofijos ir meno instituto mokslinė bendradarbė, Vilniaus pedagoginio universiteto Etikos katedros docentė. Nuo 2004 metų iki paskyrimo švietimo ir mokslo viceministre dirbo Lietuvos Prezidento patarėja mokslo ir studijų klausimais.