Pagal valdančiųjų „valstiečių“ siūlymą, Muitinės departamento generalinis direktorius būtų skiriamas ir atleidžiamas Vidaus tarnybos statuto nustatyta tvarka, tai yra Vyriausybės.
Valdančiųjų siūlymą kritikuojančią opoziciją piktina, kad muitinės vadovas būtų skiriamas be konkurso. Anot jų, tai sudarytų galimybę protekcionizmui ir politikavimui.
Pagal projektą, į Muitinės įstatymą siūloma įrašyti tik išlygą, kad departamento direktoriaus pareigas skiriamas asmuo turi turėti ne mažesnę negu trejų metų darbo einant vadovaujamas pareigas valstybės tarnyboje arba vidaus tarnybos sistemoje patirtį.
Dabar Muitinės departamento generalinį direktorių skiria ir atleidžia finansų ministras. Kandidatūra atrenkama per viešą konkursą. Direktoriaus kadencija trunka penkerius metus.
Departamentas nuolatinio vadovo neturi nuo 2018 metų liepos, kai iš pareigų savo noru pasitraukė Arūnas Adomėnas, nutaręs dirbti žemesnėse pareigose. Laikinai įstaigai vadovauja generalinio direktoriaus pavaduotojas Jonas Miškinis. Laikinasis vadovas jis buvo ir 2015 metais, kai pasibaigus kadencijai Antanas Šipavičius buvo perkeltas dirbti į Klaipėdos teritorinę muitinę viršininko pavaduotoju.
Per daugiau kaip dvejus metus konkursas į Muitinės departamento vadovus skelbtas dukart – 2019 metų vasarį ir gruodį, tačiau abu kartus atšauktas. Pirmą kartą dėl to, kad vienintelis reikalavimus atitikęs pretendentas atsiėmė kandidatūrą, antrą kartą iš pradžių jis buvo sustabdytas dėl paskelbto karantino, o birželį – atšauktas.
Finansų ministras Vilius Šapoka šių metų gegužę Seime teigė, kad Muitinės departamento vadovo paieškos stringa, nes nėra norinčiųjų dirbti už mažą atlyginimą ir žadėjo jį peržiūrėti. Tačiau laikraštis „Lietuvos rytas“ tuomet pranešė, kad konkurse dalyvauja du pretendentai, vienas iš jų – buvęs Vilniaus policijos vadovas Kęstutis Lančinskas.
