Pokario metais jame buvo palaidota apie keli šimtai nukankintų ir nužudytų partizanų, ryšininkų, rėmėjų, jiems pagerbti pastatyta arti dviejų šimtų kryžių. Čia kasmet jau nuo 1989 metų vyksta renginiai Lietuvos partizanams ir jų rėmėjams, tremtiniams ir politiniams kaliniams pagerbti, juose buvo ir yra kalbama apie patirtas ir išmoktas skaudžias istorijos pamokas. Kasmet simboliniai laiko tiltai šioje vietoje suveda gyvuosius ir mirusiuosius kovotojus už Lietuvos laisvę.
Praėjusiais metais savivaldybės administracija drauge su Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centru paskelbė Dainavos apygardos partizanų atminimo įamžinimo Lietuvos partizanų ir jų rėmėjų memorialiniame komplekse ir jo prieigose idėjos atvirą konkursą. Jam buvo pateikti du projektai – UAB AEXN projektas „Atminties ratas“ bei architekto Laimio Kaziukonio projektas „Merkinės kryžių kalnelis“.
Projektus vertinusi komisija, sudaryta iš Varėnos rajono savivaldybės administracijos, Kultūros paveldo departamento, Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro bei Dzūkijos nacionalinio parko ir Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato direkcijos specialistų, atsižvelgė į pagrindinius kriterijus – pagarbą kultūros paveldo ir aplinkos apsaugos aspektams, sprendinių funkcionalumą, universalų viešųjų erdvių bei statinių pritaikymo pobūdį bei urbanistinės erdvinės struktūros kokybę.
Geriausiai konkurso sąlygas atitikusiu bei pirmos vietos laimėtoju buvo išrinktas UAB AEXN projektas „Atminties ratas“.
Varėnos rajono savivaldybės meras Algis Kašėta laimėjusį projektą jau aptarė su jo rengėjais. Šiuo metu svarstoma, iš kokių lėšų jis bus įgyvendintas.
Varėnos rajono savivaldybės meras A.Kašėta pažymi, kad laimėjusio projekto idėja yra labai prasminga ir graži, ji atitinka lūkesčius. Tikimasi, kad įgyvendintas projektas tinkamai įamžins Dainavos apygardos partizanų atminimą.
Siūlomas Merkinės kryžių kalnelio ir jo prieigų atnaujinimo projektas užtikrina esamų kultūros vertybių išsaugojimą, neužkerta kelių galimiems archeologiniams ir kitiems tyrimams ateityje tiek pačiame memoriale, tiek ir už jo ribų.
Atsižvelgiant į Merkinės miestelio dydį, į memorialo valstybinę svarbą bei kultūros vertybių pobūdį, projekte siūlomi memorialo tvarkymo principai numato tik minimalios intervencijos bei atminties ženklinimo vietovėje atskirais elementais priemones. Jomis (erdvės elementais, takais, faktūromis, spalvomis bei kraštovaizdžio priemonėmis) memorialinis kompleksas bus sujungiamas į vientisą visumą, kuri bus integruota į Merkinės viešųjų erdvių sistemą.
Esami Merkinės kryžių kalnelio memorialo elementai – takų sistema, erdvės, koplyčia, koplytstulpiai ir kt. – bus išsaugoti. Koplytėlę siūloma restauruoti, įrengti apšvietimą, akcentuojant esminius religinius simbolius, o koplytstulpius siūloma restauruoti.
Projektiniame pasiūlyme taip pat numatyta rekonstruoti Dainavos apygardos partizanų muziejaus pastatą, kuriame bus visos būtinosios funkcijos – ekspozicijų salė, nedidelė salė renginiams, edukaciniams užsiėmimams ir kt.
Projektas parengtas taip, kad jį galima realizuoti atskirais etapais, priklausomai nuo išsikeltų prioritetų ir ekonominių galimybių.
Muziejaus pastatas ir jo erdvės gali būti rekonstruojami įgyvendinant atskirą kultūros projektą; Merkinės kryžių kalnelio atskirų erdvės dalių, prieigos paviljono, Atminties alėjos, takų rekonstravimo ir kiti darbai gali būti išskaidyti į mažesnius etapus, kurie netrukdytų visaverčiam erdvės naudojimui.