Vienuolyno pastatų nusavinimo istorija prasidėjo, kai sovietmečiu nacionalizuotas vienuolyno turtas buvo perduotas naudoti Profesinių sąjungų tarybai, o šioji minimu turtu leido naudotis Lietuvos mokslo techninėms draugijoms. Prasidėjus Atgimimui, Lietuvos mokslo techninių draugijų suvažiavimas nusprendė atsisakyti pavaldumo sovietinėms organizacijoms ir buvo reorganizuotas į Lietuvos mokslo ir technikos draugijų asociaciją (LMTDA). 1991 m. liepos 2 d. LMTDA kartu su kitais asmenimis pasirašė UAB „Mokslo ir technikos rūmai“ steigimo sutartį, kurios pagrindu 1991 m. liepos 11 d. aktu steigiamos bendrovės akcijas apmokėjo nepiniginiu įnašu – vienuolyno pastatais. LMTDA kaip neturtinį įnašą į steigiamą Atsakovą įnešė turtą, priklausantį valstybei, t. y. sudarė sandorį dėl turto, kuriuo neturėjo teisės disponuoti.
Ieškovas Mažesniųjų brolių konventualų (pranciškonų) ordino vienuolynas 2004 m. liepos 14 d. kreipėsi į teismą ir prašė panaikinti pastatų, esančių Vilniuje, Trakų g. 9/Pranciškonų g. 1, 1994 m. gegužės 6 d. teisinę registraciją atsakovo UAB „Pranciškonų rūmai“ vardu ir įpareigoti atsakovą UAB „Pranciškonų rūmai“ grąžinti šiuos pastatus Lietuvos valstybei. Byla jau antrą kartą pasiekė LAT, kuris 2013 m. vasario 8 d. paskelbė nutartį, galutinai išsprendusią ginčus.
Po 9 metų bylinėjimosi vienuolyno pastatai, esantys Vilniaus senamiesčio širdyje, grąžinti valstybei.
Ši LAT nutartis yra galutinė ir neskundžiama.
