Auditoriai neturėjo galimybių įvertinti, ar sveikatos priežiūros paslaugų kainos yra pagrįstos, ar sveikatos priežiūros įstaigos Privalomojo sveikatos draudimo fondo (PSDF) biudžeto lėšas naudoja taupiai ir efektyviai, nes Sveikatos apsaugos ministerija nėra parengusi asmens sveikatos priežiūros paslaugų teikimo sąnaudų apskaičiavimo metodikos.
Analizuodami PSDF pajamų surinkimą, valstybiniai auditoriai atkreipė dėmesį, kad pastaraisiais metais padidėjus bedarbių ir socialines pašalpas gaunančių asmenų skaičiui valstybės biudžeto asignavimų už valstybės lėšomis draudžiamus asmenis dalis į PSDF padidėjo 40 proc. Jei tokios tendencijos išliks ir ateityje, PSDF biudžeto pajamos nedidės, todėl bus ribotos galimybės tenkinti gyventojų sveikatos priežiūros poreikius. Auditoriai atkreipė dėmesį, kad valstybė už sveikatos priežiūros paslaugas moka ne pagal faktinį, o pagal suplanuotą šių asmenų skaičių. Dėl to valstybės biudžeto išlaidos įmokoms už valstybės lėšomis draudžiamus asmenis gali būti nepagrįstai padidintos arba sumažintos. Auditorių nuomone, teisingai ir pagrįstai surinkti biudžeto įmokas ir pereiti prie atsiskaitymo už valstybės lėšomis draudžiamus asmenis pagal faktinį asmenų skaičių padėtų Draudžiamųjų privalomuoju sveikatos draudimu registras. Jis iki šiol nustatyta apimtimi neveikia.
Vyriausybei pateiktose Valstybės kontrolės rekomendacijose siūloma parengti ir įgyvendinti priemones, užtikrinančias įmokų už valstybės lėšomis draudžiamus asmenis mokėjimą į PSDF biudžetą pagal faktinį, o ne pagal suplanuotą šių asmenų skaičių ir patikslinti biudžeto rezervo naudojimo tvarką, numatant rezervo lėšų skyrimo kriterijus ir skiriamų lėšų apskaičiavimo tvarką. Sveikatos apsaugos ministerijai siūloma įgyvendinti priemones, kurios padėtų efektyviau valdyti ir vykdyti privalomąjį sveikatos draudimą.
PSDF pajamų didžioji dalis – tai apdraustų asmenų ir už juos draudėjų mokamos įmokos, valstybės biudžeto įmokos už apdraustuosius, draudžiamus valstybės lėšomis, ir papildomi valstybės biudžeto asignavimai. PSDF biudžeto pajamos tiek 2008 m., tiek 2009 m. siekė 4,5 mlrd. Lt, 2010 m. – 4 mlrd. Lt. Privalomojo sveikatos draudimo fondo biudžeto išlaidos 2008–2009 m. neviršijo fondo pajamų. Kasmet apie 3 mlrd. Lt PSDF lėšų skiriama asmens sveikatos priežiūros paslaugoms apmokėti.