Po reorganizacijos, mokyklos baigtų veiklą, tačiau būtų įsteigta Vilniaus centro vidurinė mokykla, kuri įgyvendins priešmokyklinio, pradinio, pagrindinio, vidurinio ir neformaliojo ugdymo programas. Nauja ugdymo įstaiga įsikurtų Lukiškių skg. 5, Vilniaus Lukiškių vidurinės mokyklos patalpose. Planuojama, kad joje mokysis apie 430 mokinių.
Reorganizuoti mokyklas sujungiant jas į vieną nuspręsta dėl itin mažo moksleivių skaičiaus abejose ugdymo įstaigose, dėl to mokykloms trūko „mokinio krepšelio“ lėšų užtikrinti tinkamą ugdymo kokybę – naujoms mokymo priemonėms, įrangai, kelti mokytojų kvalifikaciją.
Vilniaus Lukiškių vidurinėje mokykloje 2011–2012 mokslo metais mokėsi tik 302 mokiniai, tai yra mokykla dirbo 57 procentų pajėgumu, buvo suformuota 15 klasių komplektų. Vilniaus Mstislavo Dobužinskio vidurinėje mokykloje mokėsi 160 mokinių ir mokykla dirbo 35 procentų pajėgumu, buvo suformuoti tik 9 klasių komplektai.
Be to, abiejose mokyklose turimas vienuoliktokų skaičius pagal Vyriausybės nutarimą neleido nuo rugsėjo 1 d. komplektuoti vienuoliktųjų klasių. Todėl nebūtų sudarytos sąlygos moksleiviams įgyti vidurinį išsilavinimą, per artimiausius metus bendras mokinių skaičius sumažėtų tiek, kad reikėtų uždaryti abi mokymo įstaigas.
