Pirmąja alternatyva siūloma reguliuoti tris netradicinės medicinos sritis: sveikatos rekreaciją, į kurią įeitų fizinių ir dvasinių jėgų atgavimas, sveikatos saugojimas ir stiprinimas bei sveikos gyvensenos praktinių įgūdžių ugdymas, taip pat natūralią ir liaudies mediciną bei kitą netradicinės medicinos veiklą, kuri apimtų produktus, naudojamus netradicinės medicinos veikloje.
Pati ministerija pritaria būtent šiai alternatyvai, pagal kurią netradicinės medicinos politikos formavimą, įgyvendinimą ir stebėseną vykdytų SAM, o naujai įkurta asociacija, vienijanti netradicine medicina užsiimančius asmenis, turėtų užtikrinti tokių paslaugų kokybę, saugumą. Šiam variantui, ministerijos skaičiavimu, reikėtų steigti 12 papildomų etatų SAM arba jai pavaldžiose institucijose.
Pagal antrąją alternatyvą būtų licencijuojama natūrali ir liaudies medicina bei kita netradicinės medicinos veikla. Tam prireiktų devynių naujų darbuotojų, funkcijas, būtinas netradicine medicina užsiimančių asmenų ir jų klientų saugumui užtikrinti, vykdytų tik SAM.
Ministerija pažymi, kad abiejų alternatyvų atveju netradicinės medicinos paslaugos nebūtų apmokamos Privalomojo sveikatos draudimo lėšomis.
Abi alternatyvos valstybei kainuotų panašiai: pirmoji atsieitų 2,32 mln., antroji - 2,37 mln. eurų per metus.
Reglamentuoti netradicinės medicinos praktikų veiklą SAM imasi siekdama apsaugoti netradicinės medicinos paslaugų vartotojus, užtikrinti jų tiekėjų kompetenciją.