Vyriausybė, vykdydama 2008 m. gruodžio 9 d. patvirtintą veiklos programą, numatė parengti sveikatos priežiūros įstaigų restruktūrizavimo trečiojo etapo programą. Programa buvo patvirtinta 2009 m. gruodžio 7 d. nutarimu. Įgyvendinus programą numatyta, kad vietoj Kauno 2-osios klinikinės ligoninės ir KRKKL turėtų atsirasti tik viena respublikinio lygmens Kauno miesto savivaldybei pavaldi ligoninė.
2009 metais Sveikatos apsaugos ministerija buvo sudariusi darbo grupę, kuri sprendė klausimą dėl Raudonojo Kryžiaus klinikinės ligoninės prijungimo prie Kauno medicinos universiteto klinikų. Savivaldybės administracijos atstovai taip pat dalyvavo šios darbo grupės posėdžiuose bei pasisakė prieš tokį sujungimą.
