Naikinti Migracijos departamentą jo funkcijas perduodant Policijos departamentui ir Valstybės sienos apsaugos tarnybai bei Vidaus reikalų ministerijai buvo pasiūlęs buvęs vidaus reikalų ministras Saulius Skvernelis.
Vyriausybė iš pradžių pritarė šiai iniciatyvai, bet Seime pradėjus diskusijas apsistota ties pozicija, kad Europai tvarkantis su nelegalių migrantų krize tokia institucija turi likti.
Už tai, kad Migracijos departamentas turi išlikti, o pakaktų jo pertvarkos, pasisakė prezidentė Dalia Grybauskaitė, Seimo pirmininkė Loreta Graužinienė.
S.Skvernelį pakeitęs vidaus reikalų ministras Tomas Žilinskas pradėjęs eiti pareigas patvirtino, kad departamentas naikinamas nebus, nes tai „nebėra aktualus klausimas“.
Pasak T.Žilinsko, Migracijos departamente reikėtų keisti darbo organizavimą, atsisakant smulkiųjų funkcijų ir dirbant tokiose srityse kaip pilietybės, prieglobsčio suteikimo klausimai.
