Komisija sieks išsiaiškinti, kokie asmenys inicijavo ir dalyvavo e.sveikata projekto kūrime, jo įgyvendinime; kas yra atsakingas, jog e.sveikata projekto tikslai nepasiekti; ar projekto įgyvendinime dalyvavę asmenys nepatyrė viešųjų ir privačių interesų konflikto; dėl kokių priežasčių trečiajame projekto etape įdiegta ESPBI IS dirba neefektyviai, stringa, o gydymo įstaigos vietoj naudojimosi e.sveikatos sistema kuria naujas integracines sąsajas su gydymo įstaigų informacinėmis sistemomis; kokia VĮ Registrų centro, dalyvavusio projekto įgyvendinime, atsakomybė.
Valstybės kontrolė, 2017 m. balandžio mėn. atlikusi auditą, konstatavo, kad sukurta e.sveikata sistema veikia ne visu pajėgumu, e.sveikata sistemos kūrimo etapu nedalyvavo asmenys, būsimi sistemos naudotojai, todėl sistema yra biurokratizuota, nepatogi naudojimui; nebuvo apmokyti galimi e.sveikata sistemos naudotojai ja naudotis; ne visi planuoti ir finansuoti plėtros rezultatai pasiekti ir pamatuojami; trūksta e.sveikatos sistemos kokybinių rodiklių; planuojami įgyvendinti nepasiteisinantys telemedicinos sprendimai; neužtikrintas nacionalinių ir regioninių projektų koordinavimas, dubliuojamas finansavimas panašius sprendimus realizuojantiems regioniniams projektams; už informacinės sistemos palaikymą su VĮ Registru centru atsiskaitoma be pagrįstos informacijos, neįsitikinus atliktų darbų kokybe; neįgyvendintos visos visaverčiam informacinės sistemos veikimui reikalingos tarpusavio sąsajos ir kt.
E.sveikata projektui įgyvendinti 2005–2015 m. buvo išleista 40 609 591 EUR. Pagal 2015 m. patvirtintą Lietuvos e. sveikatos sistemos 2015–2025 m. plėtros programą ir jos priemonių planą yra numatyta, kad tolesniam e. sveikata projekto vystymui reikalinga 28 250 424 EUR.
