Maudyklų vandens kokybė buvo stebima sveikatos apsaugos ministro 2012 m. vasario 12 d. įsakymu Nr. V-138 „Dėl Stebimų Lietuvos maudyklų sąrašo patvirtinimo“ patvirtintose maudyklose (Žin., 2012, Nr. 24-1132). Vadovaujantis Lietuvos higienos norma HN 92:2007 „Paplūdimiai ir jų maudyklų vandens kokybė“, šalyje maudyklų vandens kokybę būtina pradėti tirti dvi savaites prieš maudymosi sezoną (t.y. nuo gegužės 15 d.) ir reguliariai tikrinti kas dvi savaites iki rugsėjo 15 d. Maudyklų vandens kokybė buvo vertinama pagal 2 mikrobiologinius parametrus: žarninius enterokokus ir žarnines lazdeles. Atsižvelgiant į higienos normos reikalavimus, žarninių enterokokų turi būti ne daugiau kaip 100 kolonijas sudarančių vienetų 100 ml vandens, o žarninių lazdelių – ne daugiau kaip 1000/100 ml vandens. Papildomus tyrimus reikia atlikti, kai mikrobiologiniai parametrai neatitinka higienos normos reikalavimų. Nustačius trumpalaikę taršą, per 72 valandas turi būti paimtas papildomas mėginys vandens kokybės tyrimams atlikti, kuris patvirtintų taršos įvykio pabaigą ir sekantis mėginys – praėjus 7 dienoms po trumpalaikės taršos pabaigos.
Vertinant Lietuvos maudyklų vandens kokybę šį sezoną, net 18 proc. stebėtų maudyklų buvo užfiksuota trumpalaikė tarša: tai sudarė Šiaulių apskrities – 47 proc., Utenos apskrities 33 proc., Panevėžio apskrities 25 proc., Marijampolės apskrities 16 proc., Telšių apskrities 14 proc., Vilniaus apskrities 5 proc. esančių maudyklų. Vertinant vandens kokybės kaitą sezono laikotarpiu, tai problematiškiausia situacija buvo liepos mėnesį, nes net 8,7 proc. tirtų maudyklų vanduo neatitiko higienos normos reikalavimų, tuo tarpu, kai prieš sezoną − neatitiko reikalavimų tik 0,8 proc., birželio mėnesį – 3,5 proc., rugpjūčio mėnesį – 6 proc., rugsėjo mėnesį − 1,7 proc. tirtų maudyklų. Vienais atvejais maudyklų vanduo neatitiko žarninių enterokokų, kitais – žarninių lazdelių parametrams nustatytų reikalavimų.
Švariausias vanduo, vertinant pagal mikrobiologinius parametrus, buvo pajūrio maudyklose, dažniausiai trumpalaikė tarša nustatyta upėse 30 proc., kiek mažiau tvenkiniuose – 26 proc. ir ežeruose −17 proc. tirtų maudyklų.
Vienkartinė trumpalaikė tarša buvo nustatyta: Lazdijų rajono Dusios ežere, Vilkaviškio rajono Paežerių ežere,Panevėžio mieste Lėvens upėje ir Kupiškio rajono Pyragių ežere, Šiaulių apskrities Bridvaišio ežere, Kražantės, Šaukėnų tvenkiniuose, Kelmės rajono Arimaičių ežere, Radviliškio rajono Eibariškių tvenkinyje,Akmenės rajono Ventos upėje, Sablauskių tvenkinyje, Šiaulių mieste Prūdelio tvenkinyje, Šiaulių rajono Geluvos ežere, Telšių apskrities Germanto ežere, Utenos apskrityje Molėtų rajono Pastovio ežere.Ignalinos rajono Lūšių, Ilgio ežeruose, Zarasų rajono Sartų ežere, Utenos tvenkinyje, Vilniaus apskrities Švenčionių rajono Žeimenos upėje.
Savivaldybės papildomai buvo užsakiusios tirti vandens kokybę gyventojų pamėgtose 111 rekreacinių zonų. Vandens kokybė 30-yje iš šių zonų neatitiko higienos normos reikalavimų (buvo nustatyta trumpalaikė mikrobiologinė tarša).
