Savivaldybei auditoriai daugiausiai priekaištų išsakė dėl mokinio krepšeliui skirtų valstybės biudžeto lėšų panaudojimo. Valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė teigė, kad savivaldybė Valstybės kontrolės sprendimu yra įpareigota pašalinti teisės aktų pažeidimus, nubausti juos padariusius asmenis ir į valstybės biudžetą grąžinti netinkamai panaudotus daugiau nei 2,3 mln. Lt.
Valstybiniai auditoriai konstatavo, kad Šiaulių miesto mokyklose ir gimnazijose daugiau nei 2,3 mln. Lt mokinio krepšelio lėšų, skirtų mokytojų darbo užmokesčiui ir ugdymui reikalingoms priemonėms įsigyti, panaudota ne pagal tikslinę paskirtį. Pavyzdžiui, Didždvario gimnazijoje per 581 tūkst. Lt išleista autoriniams atlyginimams ir konsultavimo paslaugoms apmokėti bei su moksleivių ugdymu nesusijusių darbuotojų atlyginimams. Neradę įrodymų, kurie patvirtintų, kad direktorius ir trys šios gimnazijos vadovaujančias pareigas einantys darbuotojai tikrai mokiniams teikė individualią pagalbą, auditoriai negalėjo įvertinti, ar daugiau nei 18 tūkst. Lt panaudoti tinkamai. Auditoriams taip pat nepavyko nustatyti, už kokius konkrečius papildomus darbus šios mokyklos mokytojams buvo išmokėta per 53 tūkst. Lt. Likusius daugiau nei 1,7 mln. Lt mokinio krepšelio lėšų Šiaulių miesto ugdymo įstaigos neteisėtai panaudojo mokyklų ūkinėms išlaidoms apmokėti.
Nustatyta, kad rekonstruodama S. Šalkauskio ir S. Daukanto vidurines mokyklas savivaldybė pažeidė Viešųjų pirkimų įstatymą. Suskaidžiusi rekonstrukcijos projektus ir taip išvengusi būtinybės skelbti atvirą viešąjį konkursą, savivaldybė įprastos komercinės praktikos ir apklausos būdais įsigijo statybos darbų už daugiau nei 700 tūkst. Lt. Viešųjų pirkimų įstatymas draudžia skaidyti pirkimus, jei taip siekiama išvengti skaidresnio pirkimo būdo.
Auditoriai turėjo savivaldybei pastabų ir dėl socialinėms išmokoms bei kompensacijoms skirtų lėšų naudojimo. Nustatyta, kad savivaldybė už 2009 m. gruodžio mėn. šildymą ir karštą vandenį juos tiekiančiai įmonei avansu sumokėjo per 1 mln. Lt. Šilumos tinklams pateikus gruodžio mėnesio sąskaitas paaiškėjo, kad savivaldybė permokėjo 567 tūkst. Lt.
Savivaldybėje nustatyta pažeidimų ir tvarkant patikėjimo teise valdomo 350 tūkst. Lt vertės valstybės turto apskaitą, naudojant civilinės saugos organizavimui, šauktinių į karo tarnybą atrankai skirtas lėšas.
Valstybės kontrolei teisės aktais pavesta audituoti tik valstybinėms funkcijoms atlikti savivaldybėms skiriamas valstybės biudžeto lėšas ir patikėjimo teise valdomą valstybės turtą.
