Kaune sukilimas baigėsi 1941 m. birželio 25 d., kai į miestą į įžengė Šiaurės armijų grupės (generolas feldmaršalas Wilhelm Ritter von Leeb) 16-osios armijos (vadas generolas pulkininkas Ernst Wilhelm Bernhard Busch) ginkluotosios pajėgos.
Kiek anksčiau, birželio 25-osios ankstų rytą, į Kauną su priešakiniu būriu atvyko vokiečių saugumo policijos ir SD A operatyvinės grupės A vadas SS brigadefiureris Franzas Walteris Stahleckeris, kuris inicijavo ir organizavo žydų pogromus.
Į juos jam pavyko įtraukti voldemarininkų pakraipos partizanus, kai kuriuos iš kalėjimo karo pradžioje išsilaisvinusius kalinius, kriminalinius elementus. 1941 m. birželio 25–26 d. per pogromą Vilijampolėje SS pareigūnų prižiūrimos pogromininkų pajėgos (apie 300 asmenų) nužudė apie 600-800 žydų, tarp kurių buvo rabinų, ješivos studentų, gydytojų, siuvėjų, kitų asmenų. Birželio 27 d. Vytauto prospekte esančiame „Lietūkio“ garaže, stebint vokiečių kariams ir vietos gyventojams, pogromininkai nukankino ir brutaliai nužudė apie 60 žydų.
Birželio 25–29 d. Kaune būta ir smulkių pogromų, kurių metu buvo žudomos nedidelės grupelės žydų ar pavieniai asmenys. Per pogromus žuvo apie 1000 žydų. Pogromų laikotarpiu ir po jų žydai buvo ne tik žudomi, bet ir suiminėjami, uždaromi į Kauno sunkiųjų darbų kalėjimą, areštines, Kauno VII fortą. Birželio 29 d. SS pareigūnai, pasitarę su vokiečių karinės valdžios atstovais, nusprendė pogromų atsisakyti ir žydų žudynes vykdyti Kauno VII forte. 1941 m. birželio 30 d., liepos 1-ąją, 2-ąją, 3-ąją, 4-ąją, 5-ąją, 6-ąją, 9-ąją ir 19-ąją A.Mickevičiaus slėnyje esančiame Kauno VII forte buvo sušaudyta apie 5080 žydų vyrų ir moterų.
Žudynėms vykdyti naciai panaudojo nuo 1941 m. birželio 28 d. pradėto formuoti Tautinio darbo apsaugos bataliono 1-osios ir 3-osios kuopų karius. Pirmosios žydų žudynių bangos Kaune metu (1941 m. birželio 25 d.–liepos 19 d.) žuvo apie 6080 žydų. Yra ir teigiančių, kad žuvusiųjų buvo 8000. Naciai žudynes inicijavo ir organizavo iš dalies dėl to, kad žydus būtų lengviau izoliuoti, uždaryti getą, kad būtų pašalinti aktyvesni, kovingesni asmenys.
Dar 1941 m. birželio 25 d. F.W.Stahleckeris pogromininkams kalbėjo, kad Kaune bus steigiamas getas žydams. Kauno žydų geto steigimo pradžia galima sąlyginai laikyti 1941 m. liepos 7 d., nors oficialiai apie geto steigimą buvo paskelbta vėliau. Tą dieną pas vokiečių saugumo policijos ir SD vadą Lietuvoje SS štandartenfiurerį Karlą Jägerį buvo atvežti keli Kauno žydų bendruomenės nariai. Jiems buvo pranešta, kad žydai turi persikelti į getą Vilijampolėje. K.Jägeris atvežtus žydus paskyrė į Žydų komitetą, turėjusį rūpintis geto steigimo ir kitais reikalais. 1941 m. liepos 10 d. Kauno komendantas Jurgis Bobelis ir burmistras Kazys Palčiauskas, remdamiesi Karlo Jägerio nurodymais, išleido įsakymą dėl žydų perkėlimo į getą.
Perkėlimas turėjo vykti liepos 15 d.–rugpjūčio 15 d. Geto steigimo laikotarpiu Kauno IV forte buvo surengtos dvi žudynių operacijose. 1941 m. rugpjūčio 2 d. forte buvo sušaudyti 205 žydai ir 4 lietuviai komunistai, rugpjūčio 9 d. – 484 žydai vyrai ir 50 žydžių moterų. Tai buvo žydai, kalėję Kauno sunkiųjų darbų kalėjime. Galimas dalykas, kad dalis jų buvo suimti ir sušaudyti dėl to, nes nenorėjo paklusti nacių nurodymams persikelti į getą. Aukas, dalyvaujant vokiečiams, šaudė Tautinio darbo apsaugos bataliono (nuo 1941 rugpjūčio 6 d. – Pagalbinės policijos tarnybos batalionas) 3-iosios kuopos kariai.
Kauno getą, kuris buvo baigtas formuoti 1941 m. rugpjūčio 15 d. ir aptvertas spygliuota viela, sudarė Didysis ir Mažieji getai. Geto komendantu buvo paskirtas vokietis Fritzas Jordanas. Pirmoji geto kalinių naikinimo operacija, vykdant K. Jägerio nurodymus, buvo surengta 1941 m. rugpjūčio 18 d. Tą dieną IV forte buvo sušaudyti 698 žydai, 402 žydės, 711 inteligentų žydų ir 1 lenkė. Tarp žuvusiųjų tik nedidelė dalis buvo žydų, atvežtų iš Kauno apskrities valsčių. Aukas ar jų dalį naciai apibūdino kaip sabotažo vykdytojus. 1941 m. rugsėjo 26 d. IV forte buvo sušaudyti 412 žydų, 615 žydžių ir 581 žydų vaikų. Naciai aukas apibūdino kaip ligonius ir asmenis, įtariamus sergant užkrečiamosiomis ligomis.
Po to Kauno geto kalinių naikinimo operacijų vykdymas buvo perkeltas į IX fortą. 1941 m. spalio 4 d. jame sušaudyti 315 žydų, 712 žydžių ir 818 žydų vaikų. Operacija buvo įvykdyta kaltinant žydus tuo, kad gete buvo šauta į vokiečių kareivį. 1941 m. spalio 29 d. forte buvo sušaudyti 2007 žydai, 2920 žydžių ir 4273 žydų vaikai. Naciai apibūdino žudynes kaip geto valymą nuo nereikalingų žydų. 1941 m. lapkričio 29 d. forte nužudyti 17 žydų ir 1 žydė, kurie buvo kaltinami nusižengus geto nuostatams.
Iš viso nuo 1941 m. rugpjūčio 18 d. iki lapkričio 29 d. Kauno IV ir IX fortuose buvo nužudyti 14 482 žydai. Daugumą jų sudarė Kauno geto žydai. 1941 m. lapkričio 25 d., 29 d. IX forte gyvybių neteko dar ir 4934 žydai iš Berlyno, Miuncheno, Frankfurto prie Maino, Vienos ir Vroclavo. Žudynėms vykdyti nacių okupacinės valdžia panaudojo 1-ojo pagalbinio policijos bataliono (vadas mjr. Kazys Šimkus) 3-iosios kuopos karius.
Po šių žudynių prasidėjo stabilizacijos laikotarpis, trukęs iki 1944 m. kovo mėnesio. Gete tuomet liko gyventi apie 17 tūkst. žydų (perpus mažiau, negu jų gyveno Kaune iki nacių–sovietų karo). Nacių supratimu, getas buvo „išvalytas nuo nereikalingų”, t. y. vokiečių karo reikmėms negalinčių dirbti žydų. Šiuo laikotarpiu masinės žydų žudynės nebuvo vykdomos.
Stabilizacijos metu buvo sukurta plati geto administracinė struktūra, kuriai vadovavo Seniūnų taryba. Getas tapo savotiška mini valstybe, turinčia savo valdžią, ekonomiką, dvasinio ir kultūrinio gyvenimo formas. Geto vadovybė ypač daug dėmesio skyrė žydų darbo jėgos panaudojimui, darbo intensyvumui, darbininkų ir darbo įstaigų skaičiaus didinimui.
Seniūnų taryba laikėsi nuostatos, kad tol, kol getas vokiečiams ekonomiškai bus naudingas, naciai jo nelikviduos. 1943 m. iš maždaug 17 tūkst. Kauno geto kalinių kasdien dirbo apie 9,6 tūkst. žydų. Dauguma jų dirbo vermachtui reikalingus darbus ir vykdė įvairius karinius užsakymus. Svarbiausias objektas, kuriam reikėjo daugiausia darbo jėgos, buvo Aleksoto aerodromas.
1943 m. rudenį Kauno getas buvo pertvarkytas į SS koncentracijos stovyklą. Geto valdymą iš vokiečių civilinės valdžios perėmė SS. Žydų gyvenimo kontrolė buvo dar labiau sugriežtinta. Jie galėjo dirbti tik izoliuotose stovyklose, nes darbo brigados civilinėse įstaigose buvo išformuotos. Geto savivalda iš esmės buvo panaikinta, o SS kontrolė getui dar labiau sugriežtinta.
Geto ramybės laikotarpis baigėsi 1944 m. kovo 26–27 d., kai buvo įvykdyta nepaprastai žiauri žydų vaikų atėmimo akcija. Iš geto buvo paimta ir išvežta apie 1700 vaikų ir senelių. Manoma, kad jie galėjo būti išvežti į Osvencimą ar Maidaneką, kur dalis jų galėjo būti sušaudyti vietoje. Vienais duomenimis, gestapas taip pat išformavo žydų policiją (34 policininkai buvo sušaudyti IX forte) ir sustabdė Seniūnų tarybos veiklą. Geto savivalda iš esmės buvo panaikinta, o geto kontrolė dar labiau sugriežtinta.
Artėjant frontui, 1944 m. liepos 8–13 d., Kauno getas buvo likviduotas – pastatai sudeginti, apie 6000–7000 žydų išvežta į Vokietijos koncentracijos stovyklas (Dachau, Štuthofą ir kt.). Apie 1000 žydų buvo nužudyta geto likvidavimo metu: išsigelbėjo tik apie 300–400 geto kalinių. Karo pabaigos nacių koncentracijos stovyklose sulaukė vos keli šimtai Kauno žydų (iš daugiau kaip 30 tūkst., gyvenusių iki nacių–sovietų karo).
