Kaip informuoja Krašto apsaugos ministerija, ketvirtoji Lietuvos kariuomenės pajėgų rūšis – Specialiųjų operacijų pajėgos de jure buvo įkurtos 2008 metų balandžio 3 d., įsigaliojus Krašto apsaugos sistemos organizavimo ir karo tarnybos įstatymo pakeitimams ir yra suformuotos Specialiųjų operacijų junginio pagrindu.
SOP branduolį sudaro Ypatingosios paskirties tarnyba, Vytauto Didžiojo jėgerių batalionas, Kovinių narų tarnyba ir Karinių oro pajėgų Specialiųjų operacijų grandis, kuri SOP yra pavaldi operacijų valdymo lygmeniu.
Specialiųjų operacijų pajėgų paskirtis yra vykdyti karines specialiąsias operacijas (kontrteroristines, įkaitų vadavimo ir kitas operacijas). Lietuvos karinėje Doktrinoje, kuri buvo patvirtinta šių metų kovo 10 d. specialiosios operacijos įvardintos kaip operacijos, kurios vykdomos specialiai parengtais ir apginkluotais kariuomenės vienetais, norint pasiekti operacinės ir (ar) strateginės svarbos karinius, politinius ir (ar) psichologinius efektus, priartėjančius prie operacijos tikslo. Šių operacijų tikslas – paveikti svarbius priešininko objektus ir palankia kryptimi formuoti operacijų aplinką.
Specialiųjų operacijų pajėgos tęsia prieš daugiau nei dešimtmetį pradėtą bendradarbiavimą su tarptautine specialiųjų operacijų pajėgų bendruomene, Jungtinių Amerikos Valstijų, Latvijos ir kitų specialiųjų operacijų pajėgų kariais.
Realios kovinės patirties SOP kariai įgyja vykdydami NATO vadovaujamą Tarptautinių saugumo paramos pajėgų (ISAF – angl. International Security Assistance Force) misiją Afganistano pietuose, kurioje dalyvauja nuo 2007 metų rudens. Kasmet SOP kariai dalyvauja tarptautinėse specialiųjų operacijų pajėgų pratybose Lietuvoje ir už Lietuvos ribų.
„Vykdydami išskirtinai kovines užduotis misijos Afganistane metu Specialiųjų operacijų pajėgų kariai įgauna realios kovinės patirties, kurią panaudotų iškilus bet kokiai grėsmei Lietuvoje,“ – sakė Specialiųjų operacijų pajėgų vadovybė.
Specialiųjų operacijų pajėgų kariai kartu su kitų NATO šalių kariais misijos metu vykdo specialiąją žvalgybą, atlieka kovines užduotis, teikia karinę paramą (angl. military assistance) Afganistano vietinių pajėgų (NDS – angl. National Directorate of Security) kariams bei nuo šių metų Afganistano nacionalinei policijai (ANP - angl. Afghan National Police), vykdo kitas užduotis.
Specialiųjų operacijų pajėgų eskadronai 2002–2004 metais Afganistane dalyvavo operacijoje „Tvirta taika“ (angl. Enduring Freedom), 2005–2006 ir 2008 metais budėjo NATO greitojo reagavimo pajėgų (angl. NRF – NATO Response Forces) sudėtyje.