Audito metu nustatyta, kad Valstybinės mokesčių inspekcijos mokesčių fonde nebuvo sudaryti patvirtinti apskaitos registrai ir tarpinės finansinės ataskaitos, kuriant Mokesčių apskaitos informacinę sistemą testavimo rezultatai priimti neįsitikinus, kad sistema atitinka specifikacijoje ir projekte numatytus reikalavimus, gyventojų pajamų mokestis tarp valstybės ir savivaldybių biudžetų ne visais atvejais paskirstytas pagal teisės aktus. Dėl šių pažeidimų valstybės kontrolieriaus pavaduotojo sprendimu finansų ministras įpareigotas pažeidimus padariusius asmenis patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.
Sprendimas surašytas ir Vidaus reikalų ministerijai dėl jai pavaldžiame Ginklų fonde rastų reikšmingų pažeidimų. Ginklų fondas iš tiekėjų pagal neterminuotas sutartis įsigyja ginkluotės neatlikdamas viešųjų pirkimų procedūrų. Valstybės kontrolieriaus pavaduotojo sprendimu Ginklų fondo direktorius įpareigotas pašalinti nustatytus pažeidimus. Audito medžiaga, susijusi su ginkluotės pirkimu, perduota Viešųjų pirkimų tarnybai.
Valstybės kontrolieriaus pavaduotojo sprendimu žemės ūkio ministrui nurodyti pažeidimai, susiję su viešųjų pirkimų reikalavimais vykdant informavimo ir viešinimo paslaugų bei trąšų ir augalų apsaugos produktų pirkimus. Ministras įpareigotas asmenis, padariusius Viešųjų pirkimų įstatymo pažeidimus, patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn. Žemės ūkio ministerijos finansinio (teisėtumo) audito medžiaga, susijusi su informavimo ir viešinimo paslaugų pirkimu, perduota Viešųjų pirkimų tarnybai.
Atlikę auditą Šalčininkų rajono savivaldybėje, auditoriai nustatė ir tai, kad savivaldybės švietimo įstaigos 2010–2011 m. dalį mokinio krepšeliui skirtų lėšų panaudojo ne pagal paskirtį. Įvykdžius ugdymo planus, iš nepanaudotų mokinio krepšelio lėšų buvo mokama už komunalines paslaugas, tačiau šios lėšos negalėjo būti naudojamos padengti mokyklų ūkio išlaidas. Be to, savivaldybės administracija iš savivaldybės iždo sąskaitos į valstybės biudžetą negrąžino 2010 ir 2011 metais nepanaudotų valstybės biudžeto specialiosios tikslinės dotacijos lėšų. Dėl šių ir kai kurių kitų pažeidimų Šalčininkų rajono savivaldybė įpareigota grąžinti į valstybės biudžetą vieną milijoną litų. Savivaldybės administracijos direktorius įpareigotas įstatymų nustatyta tvarka traukti pažeidimus padariusius asmenis tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.
Reikšmingi teisės aktų pažeidimai nustatyti ir Joniškio rajono savivaldybėje. Savivaldybės administracija, vykdydama investicinį projektą „Joniškio Mato Slančiausko gimnazijos pastato rekonstravimas“, pažeidė viešųjų pirkimų įstatymą ir nesivadovavo statybos rangos sutartimi, nes pakeitė jos sąlygas negavusi Viešųjų pirkimų tarnybos sutikimo dėl sutarties pakeitimo. Savivaldybės administracija atsisakė dalies sutartyje numatytų darbų ir pakeitė juos naujais, kuriuos iš rangovo įsigijo netaikydama viešojo pirkimo procedūrų. Be to, savivaldybė iš rangovo priėmė papildomai atliktus statybos darbus, viršydama einamiesiems biudžetiniams metams investicijų projektui patvirtintą asignavimų sumą, tačiau už juos neatsiskaitė. Prasidėjus teisminiams ginčams dėl susidariusios skolos, savivaldybės administracija gali patirti papildomų išlaidų. Dėl šių pažeidimų Joniškio rajono savivaldybės taryba ir savivaldybės administracijos direktorius įpareigoti įstatymų nustatyta tvarka pažeidimus padariusius asmenis traukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.
