Nacionalinės švietimo agentūros paskirtis – ugdymo turinio įgyvendinimo ir švietimo pagalbos organizavimo stebėsena, ugdymo turinio pokyčių vertinimas, brandos egzaminų, kitų mokinių pasiekimų, nacionalinių ir tarptautinių tyrimų organizavimas, pretendentų į švietimo įstaigų vadovus kompetencijų vertinimas, informacinė, konsultacinė pagalba, mokytojų kvalifikacijos tobulinimas, mokyklų aprūpinimas ir kt.
Nacionalinę švietimo agentūrą sudaro struktūriniai padaliniai, įsteigti pagal veiklos sritis: stebėsenos ir vertinimo, ugdymo turinio, švietimo pagalbos, infrastruktūros plėtros, bendrųjų reikalų.
Iš buvusių 300 darbuotojų etatų sumažinta 60. Atsisakyta tų, kurių funkcijos dubliavosi jungiamose įstaigose, daugiausiai bendrųjų reikalų, administravimo srities, švietimo stebėsenos.
Švietimo, mokslo ir sporto ministerija yra paskelbusi konkursą eiti Nacionalinės švietimo agentūros direktoriaus pareigas.