Bažnyčios fasadai pradedami tinkuoti renesansui būdingu tamsiai pilku tinku su pelenais. Šiems darbams 2010 m. Kultūros paveldo departamentas skyrė 400 000 Lt.
Dar 2007 m. nuimant nuo fasadų suirusio tinko fragmentus, paaiškėjo, kad sgrafitinio dekoro yra daugiau, jo piešinys sudėtingesnis ir įvairesnis. Rasti nežinomi langeliai, nukapoto tarpaukštinio karnizo liekanos ir kt. Tad teko koreguoti fasadų restauravimo planus, toliau buvo tęsiami polichromijos tyrimai.
Vilniaus Šv. Stepono bažnyčios paveldotvarkos darbai atliekami nuo 2005 m. Per daugiau nei ketverius metus pašalintas bažnyčios neautentiškas vėlyvas tinkas, atidengti du apvalūs langeliai, atstatyti bokšteliai, restauruotas renesansinis reljefinis kryžius rytiniame frontone, atidengta niša apie langą šiauriniame fasade, atkurtos langinės, atstatytas tikslus pagrindinio bažnyčios karnizo profilis.
Buvo atlikti archeologiniai tyrimai, stiprinami, restauruojami pamatai, atliktas cokolinės pastato dalies remontas ir hidroizoliacija, sumontuoti žaibolaidžiai, uždengtas naujas čerpių stogas. Per dešimtmečius pakilus aplinkiniam žemės lygiui, šiaurinėje pusėje žemės lygis prie bažnyčios buvo pažemintas apie 0,35 cm, o ties pagrindiniu įėjimu – apie 1,30 cm. Visiems išvardintiems darbams buvo skirta virš 2 mln. Lt valstybės biudžeto lėšų.
Šv. Stepono bažnyčia – vėlyvojo renesanso pavyzdys. Pirmasis jos siluetas su bokštu matomas Getkanto sudarytame Vilniaus gynybinių įtvirtinimų plane. Tačiau šiandien turime bažnyčią, kurią gerokai pakeitė kitų epochų stilistinės tendencijos: nėra renesansinio bokšto, renesansinį tūrį vainikuoja sužemintas klasicistinių proporcijų stogas, praplatinti siauri renesansiniai langai.
Šv. Stepono bažnyčia pastatyta 1600 m., pietinėje miesto dalyje, Rūdninkų priemiestyje. Statybų iniciatorius buvo jėzuitų kunigas Simonas Visockis. 1604 m. šioje bažnyčioje vyko Šv. Kazimiero kanonizacijos iškilmės.
