Ikiteisminio tyrimo metu pareigūnai kartu su prokurorais įtarė, kad 2005–2010 metų laikotarpiu A.Urbutis būdamas vieninteliu UAB „Naftos grupės“ akcininku, pasinaudodamas uošvio Andrejaus Vaičiulio, kuris buvo vieno komercinio banko regiono valdytoju, ryšiais su Jurgiu Aušra, ėjusiu generalinio direktoriaus pareigas vienoje pagrindinių valstybinės reikšmės naftos įmonių AB „Klaipėdos nafta“, sudarė sutartį pagal kurią išskirtines sąlygas veiklai (perkrauti naftos produktus per AB „Klaipėdos naftos“ terminalą) gavo privati įmonė UAB „Naftos grupės“.
Išskirtinės sąlygos leido tik vienintelei UAB „Naftos grupei“ padidintomis kainomis tiekti naftos produktus, neatsižvelgiant į tai, kad kiti tiekėjai gali pasiūlyti tą patį produktą daug palankesnėmis kainomis.
Dėl to galimas AB „Klaipėdos naftos“ terminalo pelnas atiteko privačiai UAB „Naftos grupė“. Taip pat pagal šią sutartį AB „Klaipėdos nafta“ įsipareigojo, neatsižvelgdama, kad yra daug kitų tiekėjų, UAB „Naftos grupė“ rezervuoti krovos pajėgumus, nenumatant jokių piniginių ar kitokių sankcijų, jei UAB „Naftos grupė“ nepateiks rezervuoto naftos produktų kiekio, dėl ko terminalas negalėjo aptarnauti kitų potencialių klientų.
Manoma, kad dėl tokių veiksmų AB „Klaipėdos nafta“ negavo papildomai daugiau kaip 20 mln. eurų (daugiau kaip 70 mln. litų) pajamų. Be kita ko įtariama, kad A.Urbutis ir A.Vaičiulis darė įtaką, kad AB „Klaipėdos naftos “ generalinis direktorius Jurgis Aušra apmokėtų UAB „Naftos grupė“ ekspedijuotų geležinkelio vagonų prastovas, kurios siekė daugiau kaip 600 tūkst. eurų (per 2 mln. litų).
Minėtas UAB „Naftos grupė“ akcininkas A.Urbutis galimai nusikalstamų verslo santykių su AB „Klaipėdos nafta“ gavęs milžiniškus viršpelnius – daugiau nei 5 mln. eurų (daugiau nei 18 mln. Lt), subūręs organizuotą grupę, panaudodamas savo paties valdomas JAV ir Šveicarijos Konfederacijoje registruotas lengvatinio apmokestinimo (angl. offshore) kompanijas, klastodamas dokumentus, kaltinamas gautų viršpelnių pasisavinimu.
Taip pat, kaip įtariama, imituodamas verslo santykius su lengvatinio apmokestinimo kompanijomis A.Urbutis išvengė daugiau kaip 2 mln. eurų (beveik 8 mln. litų) pelno mokesčio ir legalizavo pasisavintas lėšas su bendrininkais imituodamas investicijas bei paskolas į Lietuvos Respubliką.
Ikiteisminiame tyrime AB „Klaipėdos nafta“ pareiškė daugiau kaip 20 mln. eurų (per 70 mln. litų), o valstybinė mokesčių inspekcija – daugiau kaip 2 mln. eurų (beveik 8 mln. litų) civilinį ieškinį. Ikiteisminiame tyrime surasta ir areštuota įtariamųjų turto už daugiau kaip 9 mln. eurų (už 31,5 mln. litų).
Minėtas tyrimas atliktas bendradarbiaujant su Lietuvos Respublikos valstybės kontrole, Latvijos Respublikos bei Šveicarijos Konfederacijos teisėsaugos institucijomis.
