Lietuvos Aukščiausiasis Teismas atkreipė dėmesį ir į tai, kad nėra jokio pagrindo abejoti A.Kraujelio partizaniška veikla ir jos reikšme Lietuvos valstybingumui. Aplinkybė, jog „Siaubūno“ slapyvardžiu veikęs A.Kraujelis buvo sulaikomas 1965 metais, nepaneigia jo partizano statuso ir nereiškia, kad tuo metu buvo pasibaigusios Lietuvos valstybingumo kovos.
Bylą nagrinėjusi teisėjų kolegija pripažino, kad nukentėjusiosios partizano A.Kraujelio sesers kasaciniame skunde išdėstyti argumentai nėra pakankami tam, kad neginčijamai įrodytų M.Misiukonio kaltę dėl genocido padarymo.
„Įvertinus paminėtas teismų nustatytas aplinkybes, nėra pagrindo teigti, kad M.Misiukonis, atlikdamas veiksmus, suvokė, jog dalyvauja sulaikant būtent A.Kraujelį, kaip partizaną. Nėra pagrindo teigti, kad tokie M.Misiukonio veiksmai gali būti vertinami kaip padaryti, turint specialų tikslą. Tai yra siekiant fiziškai sunaikinti visus ar dalį žmonių, priklausančių politinei grupei – partizanams. Juolab, iš bylos medžiagos matyti, kad M. Misiukonis nebuvo tas asmuo, kuris organizavo ar vadovavo A.Kraujelio sulaikymo operacijai“, – konstatavo Teismas.
Byloje nėra įrodymų, paneigiančių aplinkybes, kad M.Misiukonis iš anksto sužinojo tik tai, kad kitą dieną jis turės dalyvauti kratoje Utenos rajone, tačiau informacija nebuvo detali. Tik nuvykus į vietą, jis buvo informuotas, kad krata bus daroma turint tikslą surasti ir suimti ieškomą „ginkluotą nelegalą“ A.Kraujelį. M.Misiukonis nežinojo, kad A.Kraujeliui buvo iškelta baudžiamoji byla ir kokiais nusikaltimais jis yra kaltinamas.
Jokių KGB struktūrose turėtų dokumentų, susijusių su A.Kraujeliu ir jo veikla, nebuvo matęs ir su jais nebuvo susipažinęs.
Kasacinis Teismas taip pat pabrėžė, kad „žemesniųjų pakopų teismai, vadovaudamiesi Konstitucinio Teismo praktika, įvertinę prokurorų pareikštą ir pirmosios instancijos teisme pakeistą kaltinimo apimtį, pagrįstai nusprendė, kad byloje nagrinėjamo įvykio metu, 1965 m., nebuvo įstatymo, numatančio atsakomybę už veiką, kurios padarymu kaltinamas M.Misiukonis (dalyvavimas fiziškai sunaikinant atskiros politinės grupės – pasipriešinimo sovietų okupacijai – narį Lietuvos partizaną A.Kraujelį).
Baudžiamojo įstatymo grįžtamosios galios išimtis tokiai veikai netaikoma. Taigi ir šiuo aspektu M.Misiukonio baudžiamoji atsakomybė pagal pareikštą kaltinimą negalima“.
Ši Aukščiausiojo Teismo nutartis yra galutinė ir neskundžiama.