Ikiteisminio tyrimo metu buvo atliktas Nacionalinės programos „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ projektų įgyvendinimui ir vykdymui pagal 2006, 2007 ir 2008 metų finansavimo sutartis skirtų piniginių lėšų panaudojimo teisėtumo ir pagrįstumo tyrimas. Nustatyta, kad nuo 2006 iki 2008 metų programos projektų vykdymui ir įgyvendinimui bei VEKS veiklai dotuoti Lietuvos Respublikos kultūros ministerija ir Vilniaus miesto savivaldybė pervedė į VEKS sąskaitas 27,4 mln. litų.
Ikiteisminio tyrimo metu VEKS finansinę ūkinę veiklą tyrę Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos specialistai surašė 10 specialisto išvadų. Vertinimus pateikė Valstybės kontrolė, Lietuvos Respublikos kultūros ministerijos, Vilniaus miesto savivaldybės auditoriai.
Faktiniai duomenys patvirtina, kad VEKS buhalterinę apskaitą tvarkė skirtingi subjektai, tačiau iš esmės ji buvo tvarkoma tinkamai. Asmenų tvarkiusių VEKS buhalterinę apskaitą, veikloje nenustatyta tyčinių neteisėtų veiksmų. Ikiteisminio tyrimo metu nenustačius svarbių aplinkybių, galinčių patvirtinti baudžiamąjį teisinį padarytų pažeidimų pobūdį, nebuvo teisinio pagrindo specialistų nurodytus Buhalterinės apskaitos įstatymo pažeidimus vertinti kaip teisės pažeidimus, šiurkščiai pažeidžiančius žmonių teises ir laisves, kitas Konstitucijos saugomas ir ginamas vertybes.
Ikiteisminis tyrimas buvo pradėtas 2008 metų vasarą dėl galimo didelės vertės turto iššvaistymo kuriant interneto svetaines. Ikiteisminio tyrimo metu nustačius, kad vykdant programą „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ galėjo būti padarytos ir kitos nusikalstamos veikos, šioje byloje buvo pradėti tyrimai dėl galimo didelės vertės turto pasisavinimo, didelės vertės turto iššvaistymo, aplaidaus apskaitos tvarkymo. Dėl atskirų VEKS vykdytų projektų jau anksčiau buvo priimti nutarimai nutraukti ikiteisminį tyrimą, konstatavus, kad nepadaryta veika, turinti nusikaltimo ar baudžiamojo nusižengimo požymių.
Ikiteisminį tyrimą organizavo Generalinės prokuratūros prokurorai, jį atliko LKPB pareigūnai.
