Be to, valstybės kaltintojai paprašė nutraukti bylą dėl epizodo, susijusio su „Tomskneft-VNK“ akcijų pagrobimu, nes pasibaigė senaties terminas patraukti pagal jį baudžiamojon atsakomybėn.
Turtingiausiu žmogumi Rusijoje laikytas M.Chodorkovskis buvo areštuotas 2003 metų pabaigoje, o buvęs jo verslo partneris P.Lebedevas – 2003 metų liepą.
2005 metų gegužės 31 dieną Maskvos Meščiansko teismas juos nuteisė dešimties metų laisvės atėmimu pagal kaltinimą sukčiavimu ir mokesčių nemokėjimu, ir jie buvo išsiųsti į koloniją. Vėliau Maskvos miesto teismas sumažino jiems bausmę iki aštuonerių metų kiekvienam.
Apie antrąją baudžiamąją bylą M.Chodorkovskiui ir P.Lebedevui buvo sužinota 2005 metais, kai ėjo į pabaigą pirmasis teismo procesas Meščiansko teisme. 2009 metais abu buvo sugrąžinti į Maskvą dėl būsimo teismo antrojoje byloje ir nuo to laiko laikomi tardymo izoliatoriuje.
Pagal naujus kaltinimus Rusijos generalinė prokuratūra inkriminuoja buvusiems „Jukos“ vadovams „svetimo turto grobimą organizuota grupe stambiu ir itin stambiu mastu ir jo legalizavimą“.
Antrąją baudžiamąją bylą M.Chodorkovskis vadina motyvuota politikos požiūriu ir teigia, jog procesą inicijavo žmonės, kurie nenori, kad jis išeitų į laisvę. Teisminį persekiojimą buvęs naftos bendrovės vadovas aiškina tuo, kad jis rėmė nepriklausomą opoziciją.
