Pareigūnai teigia, kad sprogmenų, kurie buvo panaudoti Bostono maratono metu, technologija yra pakankamai paprasta – juos nesunkiai galima pasigaminti namie, o gamybos aprašymų galima rasti ir internete. Kaip rašo „The Washington Post“, tai, kad išpuolio organizatorius ar organizatoriai pasirinko būtent tokius sprogmenis, kelia pareigūnams daug klausimų – galbūt tai yra nepatyrusio, savamokslio žmogaus darbas, o galbūt tai darė specialistas, tokiu būdu bandęs suklaidinti tyrėjus.
Teigiama, kad tokias bombas naudoti mėgsta „al Qaeda“ apmokyti teroristai.
Šiuo metu išskiriamos kelios pagrindinės versijos, kas galėjo organizuoti išpuolį.
Pagal pirmąją, teroro aktą surengė islamistų kovotojai. Neatmetama, kad jį organizavo teroristinė organizacija „al Qaeda“. Šią versiją patvirtina ir leidinio šaltiniai teisėsaugos organuose. „al Qaeda“ lyderiai radikaliesiems islamistams rekomenduoja rengti išpuolius, per kuriuos nukentėtų kaip įmanoma daugiau žmonių – bombų sudėtis rodo, kad būtent tai ir buvo stengiamasi padaryti.
Pagal kitą versiją teroro aktą galėjo organizuoti prieš JAV Vyriausybę nusistačiusios ekstremistinės grupuotės. Šią versiją galėtų patvirtinti tai, kad JAV teisėsauga negavo jokių įspėjančių pranešimų apie ruošiamus teroro aktus. Be to, sprogimai įvyko Patrioto dieną.
Trečioji versija – išpuolį organizavo psichiškai nesveikas žmogus.
Yra ir tokių, kurie kelia versiją, jog teroro išpuolį organizavo pati valdžia, siekdama savo tikslų, paprastai tokios konspiracinės teorijos iškeliamos po bet kurio didesnio išpuolio, tačiau rimtai jos nevertinamos.