Pasak Šiaulių universiteto studijų prorektoriaus Remigijaus Bubnio, po pertvarkos fakultetai sujungs kelias skirtingas sritis, o tai atvers galimybių naujoms studijų programoms rengti bei naujiems tarpkryptiniams moksliniams tyrimams vykdyti.
Universitete lieka vietoje buvusių septynių lieka trys fakultetai – Ugdymo mokslų ir socialinės gerovės, Socialinių, humanitarinių mokslų ir menų bei Technologijos, fizinių ir biomedicinos mokslų fakultetai. Taip pat veiks Šiaulių universiteto mokslo ir Šiaulių universiteto tęstinių studijų institutai.
2016 metų pradžioje universitete mokėsi 3,5 tūkstančio studentų.