Šv. Jonų Bažnyčia buvo perduota Vilniaus Universitetui prieš daugelį amžių. Ji yra Vilniaus Universiteto dalis ir visos akademinės bendruomenės kultūrinio gyvenimo epicentras. Istorinė Šv. Jonų Bažnyčios priklausomybė Universitetui dar kartą patvirtinta 1991 metais, atkūrus Lietuvos nepriklausomybę.
VU SA neigiamai vertina patį faktą, kad Ministras Pirmininkas apskritai sudarė tokią darbo grupę, kuri svarstytų Šv. Jonų Bažnyčios perdavimo klausimą. Laikomės nuostatos, kad bet koks mėginimas šią Bažnyčią perduoti kokioms nors kitoms žinyboms nėra nei teisėtas, nei apskritai žmogiškai suprantamas.
Kita vertus, tai, kad net Katalikų Bažnyčia interpretuoja universitetų perregistravimą į viešąsias įstaigas kaip galimybę grobstyti turtą, skatina rimtai susimąstyti, ar pati aukštojo mokslo reforma vykdoma teisinga kryptimi.
„Vertinant šiandieninius įvykius, susidaro įspūdis, kad valdžia išsiilgo masinių studentų protestų“, – svarsto VU SA Prezidentas Liutauras Gudžinskas. „Šiemet sukaks penkeri metai, kai studentai, nepatenkinti valdžios savivale, spalio 13 d. išėjo į gatves. Jei vertindami dabartinius valdžios veiksmus, matysime tam kylantį poreikį, panašius protestus tikrai esame pajėgūs suorganizuoti“, – pažymėjo L.Gudžinskas.