Šioje teritorijoje aptinkama ir kitų retų rūšių vabzdžių, kuriuos reikia išsaugoti, – šarvuotųjų ir pleištinių skėčių, didžiųjų auksinukų, taškuotųjų melsvių. Iš retų augalų čia randama miškinių dirsuolių, balandinių žvaigždūnių, melsvųjų gencijonų, stačiųjų vaisginų, tuščiavidurių rūtenių, aukštųjų gegūnių ir kt. Teritorija taip pat svarbi retų rūšių paukščių – juodųjų gandrų, mažųjų erelių rėksnių, tulžių, gervių, didžiųjų dančiasnapių – apsaugai.
Dūkštų ąžuolynas ir Dūkštos upės slėnis, du tarpusavyje siaura juosta susijungiantys plotai, yra Neries regioniniame parke. Ši teritorija užima 362 hektarus: Dūkštų ąžuolynas – 274 ha, Dūkštos upės slėnis su jį supančiomis pievomis ir miškais – 88 ha.
Didžiausia gamtosauginė problema yra tai, kad pastaraisiais dešimtmečiais čia nyksta ir beveik neatsikuria ąžuolai. Didžiąją Dūkštų ąžuolyno dalį sudaro senos generacijos medynas, dauguma medžių yra išdžiūvę ar pažeisti puvinio. Nemaži ąžuolyno plotai buvo iškirsti. Rūpesčių kelia ir šienaujamų mezofitų pievų bei aliuvinių pievų buveinių būklė Dūkštos upės slėnyje. Jose pastaraisiais metais niekas negano gyvulių ir nešienauja. Todėl šios buveinės gali visiškai išnykti, apaugti krūmynais ir kita menkaverte augalija.
Dūkštos upės slėnyje gyvena nedidelė didžiosios miegapelės populiacija. Šiai rūšiai labai trūksta tinkamų slėptuvių – drevėtų medžių. Todėl numatoma iškelti didžiosioms miegapelėms pritaikytus inkilus. Inkilų reikia ir šikšnosparniams, kurių įvairove pasižymi Dūkštų ąžuolynas ir kuriems taip pat trūksta senų drevėtų medžių.
Gamtotvarkos planas numato atkurti ir palaikyti gerą paprastojo ąžuolo medynų, šienaujamų mezofitų pievų ir aliuvinių pievų buveinių būklę, padidinti slėptuvių skaičių didžiajai miegapelei ir šikšnosparniams ir kitas gamtosaugines priemones.
