Nuo XIII a. Antros pusės čia buvo deginami ir laidojami didieji kunigaikščiai bei žymesni kilmingieji. Pirmasis buvęs sudegintas didysis kunigaikštis Šventaragis; po to ši vieta pradėta vadinti jo vardu. Šventaragio sūnus Skirmantas (Girmantas, Gerimundas) įkurdinęs čia žynius, kurie už mirusiųjų kunigaikščių vėles tose vietose, arba degintuvėse, meldėsi, aukoje aukas, kūrenę ugnį Perkūno garbei.
Paremtą tvirtais argumentais straipsnį apie tai, kad XIII-XIV a. Lietuvos ikikrikščioniškojo kulto centras buvo Vilnios ir Neries santakoje, yra paskelbęs rusų mokslininkas Vladimiras Toporovas.
Lietuvos metrasčiuose rašoma, kad kartą po sėkmingos medžioklės Lietuvos didysis kunigaikštis Gediminas apsinakvojęs Šventaragio slėnyje (...) M.Srijkovskis dar papildo, kad Gediminas „nakvojęs“ prie degintuvių Šventaragio slėnyje (lankoje), kur dabar puškarnia, arklidės ir Žemutinė pilis“, ir susapnavęs geležinį vilką.....
Turėdami naujausių duomenų galime teigti, kad ne visos M.Strijkovskio pateiktos žinios yra teisingos. Atkastų ankstyvųjų sienų liekanų mūro tyrimų duomenys akivaizdžiai rodo, kad mūro sienomis pirmiausia buvo apjuosta Žemutinė pilis, ten statyti ir mūriniai visuomeniniai ir, matyt, gyvenamieji rezidenciniai pastatai. Aukštutinėje pilyje aiškesnių šio laiko mūro statybos pėdsakų nerasta; čia išlikusias aptvaro bei gotikinių rūmų sienas galima datuoti tik pradedant XIV a. Antrąja puse-XV a.
Pradžia. Be abejonės, Aukštutinė pilis pastatyta iki Gedimino, bet ji, matyt, buvo medinė, su medžio ir žemės įtvirtinimais. Taip ir tauro ant šio kalno Gediminas negalėjo sumedžioti; šiandien Tauro kalnu tradiciškai vadinamas kitas kalnas, ant kurio pastatyti buvusieji Profsąjungų rūmai. XIV a. Pradžioje šis kalnas ir jo prieigos galėjo būti apaugusios medžiais. Pasak M.Srijkovskio, „Gediminas sar pastatė Perkūno stabą, rankoje laikanti didelį titnaginį akmenį, iš kurio įskeldavo ugnį ;be to,aukojimui iš ąžuolo malkų dieną ir naktį be pertraukos kūreno Amžinąją ugnį. Tai vyko toje vietoje, kur šiandien Šv.Stanislovo bažnyčia, funduota pilyje Gedimino vaikaičio Jogailos.
