49 metų futbolo specialistas anksčiau yra treniravęs Madrido „Real“ antrąją komandą, vėliau dirbu su Ispanijos U-19, U-20 ir U-21 rinktinėmis.
2014-2016 metais ispanas treniravo Portugalijos klubą „Porto“.
1985-2002 m. trukusioje profesionalo karjeroje J.Lopetegui buvo vartininkas, po tris metus atstovavo „Real“ ir „Barcelona“ ekipoms, tačiau nebuvo pagrindinis vartininkas.
Treniruodamas Ispanijos U-21 rinktinę J.Lopetegui laimėjo visas 11 žaistų rungtynių, rinktinė tapo 2013 metų Europos U-21 čempione.
J.Lopetegui rinktinėje keičia 8 metus dirbusį V.del Bosque, kurio vadovaujama Ispanija laimėjo 2010 m. pasaulio ir 2012 m. Europos čempionatą.