Šiame etape kovą dėl trofėjaus tęsia 32 komandos – tai yra 10 TOPsport A lygos komandų, 20 klubų, kurios sėkmingai įveikė pirmą etapą bei dvi komandos, kurios į antrą etapą žengė burtų keliu.
Šešioliktfinalyje komandos buvo paskirstytos į 16 porų, kurių nugalėtojai pateks į trečią etapą ir kovą pratęs aštuntfinalyje.
Primename, kad visuose etapuose namuose rungtyniauja žemesnėje lygoje rungtyniaujanti komanda, jei burtai į porą suveda vienos lygos ekipas – namuose rungtyniauja pirma ištraukta komanda.
Antrojo etapo burtus ištraukė LFF generalinė sekretorė Rita Bagdonienė, o jos ranka nulėmė tokias poras:
Burtai lėmė, kad jau šiame etape sostinėje susitiks praėjusio sezono vicečempionas „Žalgiris“ ir jį iš sosto išvertęs, tačiau šiame sezone stringantis „Panevėžys“.
Antrasis etapas turi būti sužaistas gegužės 3-7 dienomis.
